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标题: 请教：固体表面吸附模拟成键判断 [打印本页]

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-5-26 10:12
标题: 请教：固体表面吸附模拟成键判断
本帖最后由 PHOENIXHMX 于 2023-5-26 10:29 编辑

想要请教各位老师，我在gromacs模拟固体表面水分子吸附的模拟，我该如何判断水分子是否与表面分子成键呢？用RDF或是其他方法？有没有软件能够显示成键情况？感谢各位老师解答~

作者
Author: 玉米猫 时间: 2023-5-26 11:50
Gromacs应该不能模拟成键吧，形成新的化学键说明有化学反应进行，这种情况如果做分子动力学的话，需要用到反应力场。
gromacs没有反应力场，而lammps有。如果体系不大的话，也可以尝试用CP2K做AIMD。

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-5-26 15:23
吸附水分子的话跟成键应该没啥关系吧，正常情况应该都是弱相互作用啊，难道你想说的是氢键？

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-5-26 16:13
本帖最后由 PHOENIXHMX 于 2023-5-26 16:17 编辑

dzdhp 发表于 2023-5-26 15:23
吸附水分子的话跟成键应该没啥关系吧，正常情况应该都是弱相互作用啊，难道你想说的是氢键？

因为我在看相关的表面吸附文献时，会产生Mg-O键和F-H键，就是图上这种，所以我就想在gromacs模拟中能否判断这种键的出现。

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-5-26 16:34

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-26 16:13
因为我在看相关的表面吸附文献时，会产生Mg-O键和F-H键，就是图上这种，所以我就想在gromacs模拟中能否判 ...

文章发来看看，

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-27 05:38

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-26 16:13
因为我在看相关的表面吸附文献时，会产生Mg-O键和F-H键，就是图上这种，所以我就想在gromacs模拟中能否判 ...

仅当表面吸附作用光靠原子电荷描述的静电相互作用结合范德华作用就能够合理描述时，靠GROMACS基于非反应性的经典力场的模拟才说得过去。否则用诸如CP2K跑DFT级别的第一性原理动力学研究才是妥当的。是哪种情况必须清楚具体交代当前研究的体系。

至于统计，rdf或者自己写VMD脚本都可以，对于展现特定结构的表面成键作用还可以用IGMH或IRI来考察
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-5-27 08:12

sobereva 发表于 2023-5-27 05:38
仅当表面吸附作用光靠原子电荷描述的静电相互作用结合范德华作用就能够合理描述时，靠GROMACS基于非反应 ...

明白了，谢谢sob老师

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-5-27 08:58

sobereva 发表于 2023-5-27 05:38
仅当表面吸附作用光靠原子电荷描述的静电相互作用结合范德华作用就能够合理描述时，靠GROMACS基于非反应 ...

想要再请教老师一个问题，我现在模拟氟化钙（CaF2）表面水分子的运动分布情况，查看水分子的分层，用哪种力场模拟比较合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-28 01:57

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-27 08:58
想要再请教老师一个问题，我现在模拟氟化钙（CaF2）表面水分子的运动分布情况，查看水分子的分层，用哪种 ...

最好是用CP2K做AIMD
用力场也不是不行（比如UFF的LJ参数结合REPEAT方法算的CaF2的slab体系的原子电荷，并结合OPC水模型），但最好有AIMD的结果作为参考来验证力场合理性，否则容易遭质疑

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-5-29 11:06

sobereva 发表于 2023-5-28 01:57
最好是用CP2K做AIMD
用力场也不是不行（比如UFF的LJ参数结合REPEAT方法算的CaF2的slab体系的原子电荷， ...

sob老师好，因为我没做过AIMD，可以请教一下具体的流程要怎么做或者是有没有例子提供参考，谢谢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-29 12:28

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-29 11:06
sob老师好，因为我没做过AIMD，可以请教一下具体的流程要怎么做或者是有没有例子提供参考，谢谢了。

几句话不可能说清楚，使用CP2K需要了解的知识相当多

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里面有非常详细的讲解，在AIMD方面给了巨量例子

作者
Author: ChemG 时间: 2023-5-29 12:40

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-26 16:13
因为我在看相关的表面吸附文献时，会产生Mg-O键和F-H键，就是图上这种，所以我就想在gromacs模拟中能否判 ...

看贴的图片涉及到水分子断键了，这个gromacs实现不了。要么找水分子在材料表面裂解的过渡态，要么跑AIMD。如果不是大量水分子，前者或许更好一些。

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