计算化学公社

标题: Linux系统下，高斯优化结构产生的chk文件是恢复的文件碎片 [打印本页]

作者
Author: mengmeng12 时间: 2023-5-26 15:11
标题: Linux系统下，高斯优化结构产生的chk文件是恢复的文件碎片
本帖最后由 mengmeng12 于 2023-5-26 15:11 编辑

各位老师好，Linux系统下，高斯（G16版本）优化结构产生的chk文件是恢复的文件碎片，可以正常转化为formchk文件，但结构和out文件不一样，不知道是哪里出现了问题，请各位老师指教或提出建议，非常感谢
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

在Linux系统下，chk文件打开是这样
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

我的输入文件，及CHK文件的图片FCHK文件图片如下
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
且fchk文件结构和out文件结构也不同,见下图

(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: 乐平 时间: 2023-5-26 15:31
怎么不一样了……

不要被眼睛迷惑了，那些所谓的“键”只不过是连接方式而已，不代表任何实际意义。

你应该用测量工具，量一下所谓“断开”的原子之间的距离，你会发现它和连在一起的原子间的距离是一模一样的距离；
量一下“断开”原子之间的角度，你也会发现它和连在一起的原子间的角度也是一模一样的度数；
量一下“断开”原子之间的二面角，你也会发现它和连在一起的原子间的二面角也是一模一样的度数。

再次强调，不要用眼睛看所谓的“键”。量子化学计算里没有任何“键”的关系。你即使把所有的“键”都删掉，依旧能进行计算，依旧能得到合理的结果（只要原子间的距离，角度，二面角的关系是对的）。

经典分子动力（classic MD）才需要对体系设置化学键的类型信息。

作者
Author: mengmeng12 时间: 2023-5-26 18:50
好滴，受教啦，谢谢

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-5-26 18:55
量化计算，不涉及“键”的概念。毕竟求解薛定谔方程时，是不需要提供化学键的信息的。这是 sob 老师经常强调的。你可以多试试几个稠环分子，你 formchk 出来的 fchk 文件和 out 文件，都拖进 gview 里面，十有八九 gview 都会给你 “不一样” 的结构。

作者
Author: mengmeng12 时间: 2023-5-26 20:15

kimariyb 发表于 2023-5-26 18:55
量化计算，不涉及“键”的概念。毕竟求解薛定谔方程时，是不需要提供化学键的信息的。这是 sob 老师经常强 ...

好嘞，谢谢啦

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-27 05:36
甭管什么“恢复的文件碎片“，Windows又不可能知道chk在当前语境下的含义是什么，瞎标注的文件类型别当回事

chk这种二进制文件怎么可能用文本编辑器打开，最基本的计算机常识

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: mengmeng12 时间: 2023-5-27 20:38

sobereva 发表于 2023-5-27 05:36
甭管什么“恢复的文件碎片“，Windows又不可能知道chk在当前语境下的含义是什么，瞎标注的文件类型别当回事 ...

好嘞，明白啦，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)