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标题: Polymer建模问题 [打印本页]

作者
Author: chittyda 时间: 2016-7-19 03:34
标题: Polymer建模问题
大虾们好，最近在关注polymer建模的问题，有两个小问题，请走过路过不吝赐教。
1> OPLS-AA力场理论上可以对polymer建模吗？
2> 市面上除了比较常见的收费的Material Studio可以方便建模polymer, 大家还有别推荐的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-20 11:51
1 OPLS-AA是用于模拟的力场，而不是建模工具。模拟聚合物用这个力场是可以的
2 其实用gview，自己把聚合物单体结构化出来放到片段库里，基于这些片段建聚合物也是很容易很快的。

作者
Author: chittyda 时间: 2016-7-20 23:21

sobereva 发表于 2016-7-20 11:51
1 OPLS-AA是用于模拟的力场，而不是建模工具。模拟聚合物用这个力场是可以的
2 其实用gview，自己把聚合物 ...

sob老师，谢谢您的回答！进一步问一下，用gview结构化的单体是通过力场参数手动设计的吗？不然怎么与力场相结合？而且这种方法不还是需要在聚合过程中手动添加相当数量的参数（用来更新聚合后的各参数），这样是不是不够有效？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-21 00:11

chittyda 发表于 2016-7-20 23:21
sob老师，谢谢您的回答！进一步问一下，用gview结构化的单体是通过力场参数手动设计的吗？不然怎么与力场 ...

结构和参数是两码事，用什么参数、怎么设参数是模拟程序里的事，和建模用的程序是独立的。

作者
Author: chittyda 时间: 2016-7-21 12:18

sobereva 发表于 2016-7-21 00:11
结构和参数是两码事，用什么参数、怎么设参数是模拟程序里的事，和建模用的程序是独立的。

Sorry,其实我想问的是如何添加参数的问题。对于opls-AA力场我比较熟悉可以直接用moltemplate添加参数，但是它并不支持pcff力场，我主要想咨询下这方面的经验。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-21 19:30
具体得看你用的是什么MD程序，具体做法和能支持的力场函数形式各有不同

作者
Author: chittyda 时间: 2016-7-29 15:08

sobereva 发表于 2016-7-21 19:30
具体得看你用的是什么MD程序，具体做法和能支持的力场函数形式各有不同

谢谢sober老师！

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