计算化学公社

标题: Amber动力学模拟restraintmask时，如何约束蛋白主链 [打印本页]

作者
Author: xiao杨同学 时间: 2023-5-27 22:48
标题: Amber动力学模拟restraintmask时，如何约束蛋白主链
各位老师们好，我在使用Amber22进行蛋白-小分子复合物动力学模拟时，在能量最小化阶段，对蛋白骨架重原子进行约束时，网上看教程有写的是restraintmask=':1-154&N,CA, C’ ；想问一下各位老师为什么不写O，只写了N , 羰基C，α-C ；在Amber手册中搜索蛋白骨架时显示 'N,CA,C,O' 。这里有点不太理解，谢谢各位老师。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: Serious 时间: 2023-5-28 14:19
1）我印象中本站有不少人问过类似问题，不妨先检索看看；
2）简明而言，由于CA、C、O、N、H是共面的，通常就写CA、N、C就能起到束缚主链的作用；

作者
Author: 八月的雨季 时间: 2023-5-28 14:24
别人写的不一定正确

作者
Author: 阿志 时间: 2023-5-29 08:41

Serious 发表于 2023-5-28 14:19
1）我印象中本站有不少人问过类似问题，不妨先检索看看；
2）简明而言，由于CA、C、O、N、H是共面的，通常 ...

您好，我一般只写残基，就是“：1-251”，这样子应该没问题吧

作者
Author: Serious 时间: 2023-5-29 10:01

阿志发表于 2023-5-29 08:41
您好，我一般只写残基，就是“：1-251”，这样子应该没问题吧

1）想想你的目的是什么？若是束缚1-251位残基全原子，那":1-251"没问题。

作者
Author: xiao杨同学 时间: 2023-5-30 09:56

Serious 发表于 2023-5-28 14:19
1）我印象中本站有不少人问过类似问题，不妨先检索看看；
2）简明而言，由于CA、C、O、N、H是共面的，通常 ...

嗯嗯，好的好的，下次会注意一下，谢谢啦

作者
Author: 阿志 时间: 2023-5-30 10:23

Serious 发表于 2023-5-29 10:01
1）想想你的目的是什么？若是束缚1-251位残基全原子，那":1-251"没问题。

是的，谢谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)