计算化学公社

标题: 请问如何形象的展示两个分子间的相互作用 [打印本页]

作者
Author: harper 时间: 2023-5-28 10:29
标题: 请问如何形象的展示两个分子间的相互作用
老师同学们好，请问如何形象的展示两个分子间的相互作用，希望可以在一张图中展示出静电作用、色散作用、诱导作用以及交换互斥作用的形成以及相互之间的联系，大家有什么好的建议吗，谢谢大家

作者
Author: 牧生 时间: 2023-5-28 10:36
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8147&highlight=igmh

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&highlight=iri

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-28 20:10
除上面博文里我提出的IRI和IGMH以外，还有此方法可以图形化展现轨道相互作用
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）
使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
http://sobereva.com/535（http://bbs.keinsci.com/thread-16453-1-1.html）
交换互斥作用通过ETS-NOCV也可以可视化展现

另外还可以通过静电势和范德华势考察，参考比如下文的图
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）
分子表面静电势图的绘制见
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
更多相关知识见
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

还有我提出的范德华势也十分有用，参考
谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
http://sobereva.com/551（http://bbs.keinsci.com/thread-17271-1-1.html）

利用EDA-FF也可以实现图形化展现，见
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

我最近发表了篇综述Visualization Analysis of Weak Interactions in Chemical Systems，见doi: 10.1016/B978-0-12-821978-2.00076-3，对于你了解相关知识及其有益

作者
Author: harper 时间: 2023-5-29 10:27

牧生发表于 2023-5-28 10:36
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8147&highlight=igmh

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=vie ...

非常感谢您，请问还有什么方法用不同的颜色显示出静电作用、色散作用、诱导作用以及交换互斥作用吗

作者
Author: harper 时间: 2023-5-29 10:31
本帖最后由 harper 于 2023-5-29 10:33 编辑

sobereva 发表于 2023-5-28 20:10
除上面博文里我提出的IRI和IGMH以外，还有此方法可以图形化展现轨道相互作用
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方 ...

非常感谢老师，这是我用multiwfn做的图，但只能看出来体系以范德华作用为主导，如何在一个图中显示出静电作用、色散作用、诱导作用以及交换互斥作用呢C:\Users\26089\OneDrive - 北京大学\01work

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-29 10:37

harper 发表于 2023-5-29 10:31
非常感谢老师，这是我用multiwfn做的图，但只能看出来体系以范德华作用为主导，如何在一个图中显示出静电 ...

一张图里不可能展现

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-6-2 17:25

sobereva 发表于 2023-5-29 10:37
一张图里不可能展现

老师能量分解+IRI是不是就足够说明弱相互作用对反应的影响了？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-3 01:31

火星哥发表于 2023-6-2 17:25
老师能量分解+IRI是不是就足够说明弱相互作用对反应的影响了？

这种事都得结合具体体系来说，只能告诉你这俩都是对研究这种问题很有用的方法，但没法保证对任何情况都能提供足够解释

作者
Author: 火星哥 时间: 2023-6-6 17:09

sobereva 发表于 2023-6-3 01:31
这种事都得结合具体体系来说，只能告诉你这俩都是对研究这种问题很有用的方法，但没法保证对任何情况都能 ...

老师，我将能量分解与静电势和分子轨道结合，目前静电势和ΔGelectrostatic一起，分子轨道和ΔGpolarization一起，然后在SI中IRI图像化展示。不知道静电势和ΔGelec项一起，分子轨道和ΔGpol项有没有相关性希望老师批评指正

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 09:39

火星哥发表于 2023-6-6 17:09
老师，我将能量分解与静电势和分子轨道结合，目前静电势和ΔGelectrostatic一起，分子轨道和ΔGpolarizat ...

有相关性
静电势直接能在一定程度上体现静电相互作用特征（但单个片段算的静电势并没有考虑其它部分产生的极化作用，实际中静电作用和极化作用会存在耦合）。极化作用本质来自轨道的混合，因此有密切关系。

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