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标题: Gromacs模拟单体蛋白二聚如何构建pdb与topol文件 [打印本页]

作者
Author: 七堇阳 时间: 2023-5-29 16:15
标题: Gromacs模拟单体蛋白二聚如何构建pdb与topol文件
请教一下各位，我打算用gromacs模拟多肽Aβ42的二聚，用pymol平移坐标后得到了含有两个单体的pdb文件，但是pdb2gmx会把两个分子识别为ChainA与ChainB从而产生键连，请问遇到这个问题应该怎么解决呢，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-30 04:54
识别为ChainA与ChainB和产生键连没有任何直接关系。本来多链的蛋白质的不同链之间就没有共价键存在（二硫键是另一码事）。这么识别本来就是正常的

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