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标题: 使用懒人脚本利用ORCA和Multiwfn计算RESP2原子电荷时报错 [打印本页]

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Author: liu_cpu 时间: 2023-5-29 22:37
标题: 使用懒人脚本利用ORCA和Multiwfn计算RESP2原子电荷时报错
本帖最后由 liu_cpu 于 2023-5-30 09:11 编辑

老师您好，我在使用sob老师博文中的懒人脚本计算resp2原子电荷出现报错：Diagonalization failed with error。命令行输入的是./RESP2_ORCA.sh lig.mol2 -1 1 water。计算所需的lig.mol2文件是通过proteinplus计算质子化状态之后的下载的.sdf文件用gaussview转化成.mol2文件得到的，请问出现这种报错的时候该如何解决，之前没有接触过量化计算，想要得到一个resp2电荷用于动力学模拟，感谢各位i老师不吝赐教。输出文件opt.out 上传不了，截出了最后报错的地方。

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Author: wzkchem5 时间: 2023-5-30 03:34
取当前已经优化了几步以后的结构（xyz文件）作为初始结构，继续优化。如果还不行，改用笛卡尔坐标优化

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-30 05:19
记清楚GaussView怎么拼

out文件压缩后不可能上传不了。论坛首页公告栏写了“上传大于500KB文本型文件前必须先压缩”

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-5-30 09:10

sobereva 发表于 2023-5-30 05:19
记清楚GaussView怎么拼

out文件压缩后不可能上传不了。论坛首页公告栏写了“上传大于500KB文本型文件前 ...

好的，不好意思sob老师，这下记住啦Gaussview
老师，我刚刚上传了压缩的out文件。

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-5-30 09:11

wzkchem5 发表于 2023-5-30 03:34
取当前已经优化了几步以后的结构（xyz文件）作为初始结构，继续优化。如果还不行，改用笛卡尔坐标优化

好的，老师我试试。谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-31 02:51

liu_cpu 发表于 2023-5-30 09:11
好的，老师我试试。谢谢您

用VMD看优化轨迹（xyz）文件的最后一帧，如果没什么异常，手动编辑xyz文件，只保留最后一帧部分，然后把这个xyz文件作为脚本的输入文件继续跑。如果还有类似提示，把一些二面角轻微调节一下再试。

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-5-31 11:00

sobereva 发表于 2023-5-31 02:51
用VMD看优化轨迹（xyz）文件的最后一帧，如果没什么异常，手动编辑xyz文件，只保留最后一帧部分，然后把 ...

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-6-6 21:05

sobereva 发表于 2023-5-31 02:51
用VMD看优化轨迹（xyz）文件的最后一帧，如果没什么异常，手动编辑xyz文件，只保留最后一帧部分，然后把 ...

sob老师，报错之后只新生成一个opt.out的文件，是需要将脚本中的某些地方注释掉才能保留优化轨迹文件（xyz）吗？请问使用这个脚本如何找到优化轨迹文件呢？谢谢老师不吝赐教！尝试找了一些方法，但是没有成功，只能再次来提问。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 09:37

liu_cpu 发表于 2023-6-6 21:05
sob老师，报错之后只新生成一个opt.out的文件，是需要将脚本中的某些地方注释掉才能保留优化轨迹文件（xy ...

优化过程中默认就会在当前目录下产生记录优化每一帧结构的xyz轨迹文件，如果没产生，可能是连一帧都没跑完

作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-7 11:14
本帖最后由牧生于 2023-6-7 11:38 编辑

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我试了一下，没有任何报错，非常顺利完成。你不需要手动加上water，脚本默认就是用water当溶剂

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-6-9 15:20

牧生发表于 2023-6-7 11:14
我试了一下，没有任何报错，非常顺利完成。你不需要手动加上water，脚本默认就是用water当溶剂[/b ...

请问你是自己用的我上传的.mol2文件作为输入文件计算的吗？为什么我后面用Gaussian计算的时候也报错了。

作者
Author: liu_cpu 时间: 2023-6-9 15:24

sobereva 发表于 2023-6-7 09:37
优化过程中默认就会在当前目录下产生记录优化每一帧结构的xyz轨迹文件，如果没产生，可能是连一帧都没跑 ...

好的，在过程中确实产生了xyz轨迹文件，但是最终报错之后，目录下就只剩下opt.out文件了。我后面将其中一个xyz轨迹文件中的最后一帧的部分作为输入文件，就没有产生报错了。谢谢sob老师

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