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标题: 有机小分子与水的混合跑GROMACS报错 [打印本页]

作者
Author: zhitengcheer 时间: 2023-5-29 22:38
标题: 有机小分子与水的混合跑GROMACS报错
本帖最后由 zhitengcheer 于 2023-5-29 22:41 编辑

尊敬的各位老师，大家好。学生在对小分子混合水的体系进行建模跑GROMACS时发生如下报错，请问学生的操作错误出在哪?还希望各位老师不吝惜赐教。
学生的操作步骤如下：
1：利用sobtop软件分别生成有机小分子和水的top文件，并将这两种top文件放于一起如下：

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2：利用Packmol软件将两种物质以1000个水分子和500个dnp混合在一个立方体盒子中（如下为packmol的输入文件）：
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3：将以下文件放入同一文件夹运行GROMACS：“gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr”发生如下报错：
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-30 04:54
老生常谈的字段顺序不对问题

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: 牧生 时间: 2023-5-30 06:40
你的packmol中，先水，后dnp。但是在top中，先出现dnp，再水。所以顺序就不对了。其次，看第二楼

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