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标题: MS的Forcite动力学时O原子总跑出盒子外是怎么回事？ [打印本页]

作者
Author: 清岚 时间: 2016-7-20 10:18
标题: MS的Forcite动力学时O原子总跑出盒子外是怎么回事？
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用MS，Forcite模块跑动力学时O原子总跑出盒子外是怎么回事？

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-20 12:09
没有模型描述，设置也没说？？？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-20 12:53
看看模拟轨迹是怎么变化的，一般都是结构或者力场参数有问题所致。

作者
Author: 清岚 时间: 2016-7-20 13:10
这是我用forcite模块COMPASS力场跑动力学时的参数设置，只有分子里有O时O才会跑出来，如果分子内没O原子，就没有原子会跑出来，我觉得和参数设置关系不大啊

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-7-20 13:15

清岚发表于 2016-7-20 13:10
这是我用forcite模块COMPASS力场跑动力学时的参数设置，只有分子里有O时O才会跑出来，如果分子内没O原子， ...

是不是优化的时候没有勾选optimize cell,导致盒子太小，周期性条件导致原子重叠，因此为了能量最小化，就跑出去了，解决的办法是勾选optimize cell后，最好还要跑一跑退火动力学，然后再把得到的结构做NVT和NVE什么的。

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