计算化学公社

标题: gmx 模拟过程中box-X 不断增加；但box-Y不断减小 [打印本页]

作者
Author: CruiseBend 时间: 2023-5-30 18:45
标题: gmx 模拟过程中box-X 不断增加；但box-Y不断减小
老师们好：

我用gmx的martini3力场模拟一个蛋白质-膜的体系，发现在production阶段，盒子的X边长不断增加，而Y边长缺不断减小（初始50*20*20nm，到最后是123*7*22nm），想问下是什么原因呢？

控温控压：
tcoupl                = v-rescale
tc_grps                = SOLU MEMB SOLV
tau_t                = 1.0 1.0 1.0
ref_t                = 310 310 310
;
pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype             = anisotropic
tau_p                = 12.0
compressibility       = 3e-4 3e-4 3e-4 0 0 0
ref_p                = 1.0 1.0 1.0 0 0 0
；

说明：
1）使用anisotropic是因为我在膜两段加了一个8nm的水层（去除pbc方便membrane bending，很多文章这么做）；尝试了semi，但还是会出现盒子大小急剧变化
2）尝试了Berendsen，盒子大小变化不明显，但还是有X增大，Y减小的趋势

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-31 03:40
X和Y相对尺寸变化，和整体盒子尺寸变化，是两个维度的问题。用semiisotropic至少不会令X和Y相对尺寸发生变化。至于整体盒子大小明显变化，可能原因很多，诸如初始结构密度和实际偏离大、拓扑文件或参数有问题、蛋白插入方式问题，等等，需要一点点排查。
盒子在达到平衡之前不要用PR压浴

作者
Author: CruiseBend 时间: 2023-5-31 19:39
1）因为膜x方向的疏水作用被水屏蔽了，所以体系才会增大盒子的y方向来增加膜和pdb膜之间的疏水作用使得膜更稳定？感觉是这个原因

2）我在all-atom情况下使用几乎一样的建模和mdp参数，盒子大小没有很大的变化，想问下为什么在martini下会出现这种情况？

3）有没有可能是我的protein-membrane的相互作用没有平衡，应该先跑平衡常规的protein-membrane体系（x-y都是膜pbc），再尝试在x方向加水

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)