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标题: 加离子的时候出现下面报错 [打印本页]

作者
Author: LY1 时间: 2023-5-31 10:46
标题: 加离子的时候出现下面报错
(, 下载次数 Times of downloads: 19) 加入离子的时候用的gmx genion -s em.tpr -p mix.top -o mix3.gro -np 17 -nn 17 -pname LI -nname I 命令后报错，显示拓扑文件找不到水分子。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-1 05:21
当前拓扑文件里[molecules]里必须有SOL

作者
Author: LY1 时间: 2023-6-1 09:14

sobereva 发表于 2023-6-1 05:21
当前拓扑文件里[molecules]里必须有SOL

(, 下载次数 Times of downloads: 18) 拓扑文件中已经有水分子，并且已经尝试用命令添加水分子；在加离子那一步就是不显示水分子

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-1 12:17

LY1 发表于 2023-6-1 09:14
拓扑文件中已经有水分子，并且已经尝试用命令添加水分子；在加离子那一步就是不显示水分子

看看opc3.itp里分子名是不是SOL
也可以不提供拓扑文件，加完离子后再手动改

作者
Author: 菜狗博 时间: 2025-4-27 15:56
您好，请问解决这个问题了吗？

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