计算化学公社

标题: 求助：为什么气体穿膜正逆过程的PMF不相同 [打印本页]

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-6-1 10:10
标题: 求助：为什么气体穿膜正逆过程的PMF不相同
本帖最后由 ccccc123 于 2023-6-1 14:45 编辑

各位老师，有个问题困扰许久，特来求助
我的体系是二维材料上铺设一层有机溶剂用来气体分离，在计算单个气体分子从左往右穿膜过程中的PMF时，使用V-rescale耦合方式，温控组将单个气体和有机溶剂设为一组，材料单独一组，使用伞形采样计算，牵引代码如下，有如下两个问题：
1：为什么牵引过膜前后自由能收敛值不同，如图黑线所示，右边高左边低，我理解的应该是两边一样高才对，如果理解有错，还请不吝指正
2：我采用过膜后的结构作为初始结构，开始做从右往左逆过程相同设置下的PMF，得出的PMF曲线（如图红线）和之前有区别，这次的收敛值确是右边低左边高，与上一条结果相反
请问我的模拟过程有什么问题？
; Pull code
pull                   = yes
pull_ncoords          = 1
pull_ngroups          = 1
pull_group1_name       = N2
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_vec       = 0 0 1
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_groups    = 0 1
pull_coord1_origin    = 2.2 2.5 6
;pull_coord1_start    = yes
pull_coord1_rate       = 0
pull_coord1_k          = 600
pull_nstxout          = 1000
pull_nstfout          = 1000
pull_coord1_init       = 1.00

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-6-3 09:59
看到的老师可不可以指点一下

作者
Author: thor 时间: 2023-9-21 12:55

ccccc123 发表于 2023-6-3 09:59
看到的老师可不可以指点一下

是不是材料两边不对称

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)