计算化学公社

标题: cp2k计算稀土金属有机框架动力学导致结构跑散的问题 [打印本页]

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-6-1 15:29
标题: cp2k计算稀土金属有机框架动力学导致结构跑散的问题

各位老师好，
请问老师，我现在想利用CP2K对稀土金属有机框架（框架的结构基于单晶衍射得到的）进行动力学模拟，先利用Multiwfn生成了输入文件，借助此跑出来的结构散掉了这是什么原因呢？下面是输入文件和结果

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-2 01:39
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟，盒子比实际体系大那么多，明显又不是周期性；倘若你想用簇模型模拟，边缘怎么能有碳孤零零的悬着，违背基本化学常识

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-6-2 11:06

sobereva 发表于 2023-6-2 01:39
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟，盒子比实际体系大那么多，明显又不是周期性；倘若你想用簇模 ...

谢谢老师指点，我刚报名了CP2k的班，恶补一下基础知识

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-8-14 10:28
本帖最后由 halouhapily 于 2023-8-14 19:50 编辑

sobereva 发表于 2023-6-2 01:39
你的结构完全离谱。如果是相当周期性体系模拟，盒子比实际体系大那么多，明显又不是周期性；倘若你想用簇模 ...

老师，我重新构建了MOF结构，在yz方向做了*2*3的扩胞，x方向增加了真空层，做结构优化依旧是散掉了，老师您能帮我看看是哪里出错了吗？是不是我模型构建的还是存在问题呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-15 03:25

halouhapily 发表于 2023-8-14 10:28
老师，我重新构建了MOF结构，在yz方向做了*2*3的扩胞，x方向增加了真空层，做结构优化依旧是散掉了，老师 ...

甭用PSOLVER ANALYTIC
二维周期性体系目前版本的Multiwfn默认的都是PSOLVER MT，比analytic强多了

slab太薄，而且这种体系做优化应当把中间部分的冻住。至于表面结构变形，属于表面弛豫或表面重构。确保表面结构合理的前提下，该怎么变怎么变

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-8-15 11:01

sobereva 发表于 2023-8-15 03:25
甭用PSOLVER ANALYTIC
二维周期性体系目前版本的Multiwfn默认的都是PSOLVER MT，比analytic强多了

非常感谢老师，您提的建议对我太有帮助了，
老师我还有一个问题想听听您的建议
我在实验中获得香豆素衍生物（同时含有羧基和羟基官能团）吸附在MOF上，但是至于香豆素衍生物吸附在MOF的哪一个表面，与MOF的什么位点结合都不清楚，
我想通过结合能计算或者是动力学模拟来找到合适的位点，
对于这种情况，MOF的表面应该怎么切才合理呢？并且abc三个方向应该选择哪一个面作为表面合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-16 07:05

halouhapily 发表于 2023-8-15 11:01
非常感谢老师，您提的建议对我太有帮助了，
老师我还有一个问题想听听您的建议
我在实验中获得香豆素衍 ...

如果三个方向不等同的话，各个面可以分别研究，只不过现实中最容易出现的面的研究最有实际价值（根据实验文献，或者理论计算的表面能等方式判断）

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