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标题: 求助：能量最小化出现一堆pdb [打印本页]
作者
Author: wuxiaofei    时间: 2023-6-1 19:08
标题: 求助：能量最小化出现一堆pdb
我在模拟甲烷与水，进行能量最小化之后出现了一堆如下图的pdb，模拟能够走完，我打开一堆pdb发现结构是原来的一半，但是看轨迹就是完整的，这是什么原因呢？
作者
Author: pal    时间: 2023-6-1 20:07
看看log文件，应该没走完并且有错误信息吧
作者
Author: sobereva    时间: 2023-6-1 23:47
老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
作者
Author: wuxiaofei    时间: 2023-6-2 11:24
本帖最后由 wuxiaofei 于 2023-6-2 11:25 编辑
sobereva 发表于 2023-6-1 23:47
老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

老师，我将-ntmpi 2改成了-ntmpi 1解决了里边的结构不再是一半了，但是还是出现一堆pdb文件，在能量最小化过程中有些步数出现了这些警告
  1. Step 146, time 0.146 (ps)  LINCS WARNING
  2. relative constraint deviation after LINCS:
  3. rms 0.000565, max 0.022227 (between atoms 229 and 230)
  4. bonds that rotated more than 30 degrees:
  5. atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  6.     229    230   33.3    0.0963   0.0978      0.0957
  7.     229    231   30.9    0.0967   0.0969      0.0957
  8. Step=  146, Dmax= 3.9e-02 nm, Epot= -4.65598e+04 Fmax= 2.71119e+03, atom= 229
复制代码

我之前也利用过这两个itp文件做其他模拟，没有出现问题，所以我认为itp文件没有问题。



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