计算化学公社

标题: 关于gromacs模拟B(OH)3与水互溶过程中的问题 [打印本页]

作者
Author: tym1999 时间: 2023-6-2 14:10
标题: 关于gromacs模拟B(OH)3与水互溶过程中的问题
本帖最后由 tym1999 于 2023-6-2 14:08 编辑

想探究B(OH)3和水的互溶情况，因此建立了B(OH)3和水分离的初始盒子（图1），模拟运行20ns之后（图2）发现B(OH)3（图中VDM形式）大部分并没有分散溶于水中，仍然是一块一块的聚集，想问问这是什么原因？与B(OH)3的itp文件有关吗？itp文件与mdp文件如下。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-3 01:08
说具体拓扑文件怎么来的，原子电荷具体怎么算的

作者
Author: tym1999 时间: 2023-6-3 15:59

sobereva 发表于 2023-6-3 01:08
说具体拓扑文件怎么来的，原子电荷具体怎么算的

BOH3拓扑文件是采用sobtop(dev3.1)参数完全基于GAFF的方式产生的，其中缺少的二面角参数是Sobtop基于Hessian直接算出来的；原子电荷是采用Multiwfn计算的RESP2电荷（先在b3lyp/6-31g(d,p)下进行优化，然后基于优化过的结构利用B3LYP/def2TZVP下在气相和IEFPCM模型表现的水环境下分别算单点从而获得的。）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-3 17:55
一个可能的原因是，水溶液里硼酸会和水分子配位（https://www.sciencedirect.com/sc ... 04006384?via%3Dihub）。普通力场描述不了这种配位作用，导致低估硼酸和水的作用能，进而低估硼酸的溶解度

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-3 18:17
20ns的时间还不够吧，增加模拟时间或者提高温度试试

作者
Author: tym1999 时间: 2023-6-3 19:30

wzkchem5 发表于 2023-6-3 17:55
一个可能的原因是，水溶液里硼酸会和水分子配位（https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/ ...

那大概什么力场能够描述这种配位作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-4 02:43

tym1999 发表于 2023-6-3 15:59
BOH3拓扑文件是采用sobtop(dev3.1)参数完全基于GAFF的方式产生的，其中缺少的二面角参数是Sobtop基于Hess ...

基于Hessian得到二面角并不合适，这样的话二面角都成刚性的了，OH就没法旋转了。从你的截图看确实所有硼酸都成了平面结构。结构不合理，可能导致氢键的描述也有问题。
硼酸不是罕见体系，估计早有人模拟过，能搜到的话可以借用别人的二面角参数。

作者
Author: tym1999 时间: 2023-6-4 15:10

sobereva 发表于 2023-6-4 02:43
基于Hessian得到二面角并不合适，这样的话二面角都成刚性的了，OH就没法旋转了。从你的截图看确实所有硼 ...

老师，哪我想问下这种缺少的力场参数一般去哪搜呢？通过输入什么搜索呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-6 09:16

tym1999 发表于 2023-6-4 15:10
老师，哪我想问下这种缺少的力场参数一般去哪搜呢？通过输入什么搜索呢？

google或google学术搜，输入硼酸的英文名和forcefield parameter，找相关的模拟文章。实在找不到的话就自己拟合

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)