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标题: 如何用multiwfn改变图片的坐标 [打印本页]

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-21 11:14
标题: 如何用multiwfn改变图片的坐标
老师好，我这里有一个multiwfn生成的波函数等值面图，想修改坐标，不知道怎么操作，希望有人指导一下，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-21 11:53
你想怎么改坐标？

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-21 15:15
老师，我想让我的图片纵横坐标轴一样长，保存出来的图片就是个正方形，这就是我的目的，因为我有三张图片，排版的时候想将三个一行排开，可是有的是长方形，不好看，所以我想三个都是正方形就好了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-21 19:25

Eliza-NZH 发表于 2016-7-21 15:15
老师，我想让我的图片纵横坐标轴一样长，保存出来的图片就是个正方形，这就是我的目的，因为我有三张图片， ...

你得选择6:Input origin and translation vector (For expert user)，自定义平移矢量，使得对三个体系，在两个方向上平移矢量大小相同。或者用5:Define by three points，对三个体系使用相同的三个点来定义作图平面。
要么就导出平面数据，用sigmaplot之类对三个体系作图，然后调节坐标轴使其一致。

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-22 12:24
谢谢老师

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-22 12:40
谁知道上面的轨道等值线图的分析主要抓住哪几点？在写文章，能分析出是成键态还是反键态吗？跪求大神指导

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-22 13:33

Eliza-NZH 发表于 2016-7-22 12:40
谁知道上面的轨道等值线图的分析主要抓住哪几点？在写文章，能分析出是成键态还是反键态吗？跪求大神指导

一言难尽
主要看成键区域有没有节面来判断
或者可以用Multiwfn做Mulliken键级分解，看看对指定的两个原子，各个轨道对Mulliken键级是正贡献还是负贡献

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-22 14:50
我这个是结合实验给一点分子轨道分析，不需要太深刻，就想说一点简单点的，我刚学这个高斯计算，不敢分析太深奥的东西，回头审稿人再问我比较难得问题我回答不出就不好了，不是说两原子之间如果电子密度大那就是成键态，反之就是反键态吗？这个图是分子波函数轨道等值线图，我从中可以看出电子分布的大小啊，难道不可以简单判断出成键和反键态吗

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-22 23:59

Eliza-NZH 发表于 2016-7-22 14:50
我这个是结合实验给一点分子轨道分析，不需要太深刻，就想说一点简单点的，我刚学这个高斯计算，不敢分析太 ...

根本不是这么看的。说法太粗糙的。
你先看结构化学书了解什么是成键和反键轨道，是什么轨道形状。
这和原子之间密度大小都完全八竿子打不着。
原子之间密度大小要考虑所有轨道，而且密度大小跟成键强弱根本没直接关系。

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-26 15:04
老师，我知道原子间成键态比反键态能量低。结构更稳定，我现在就是想用NBO方法结合Multiwfn分析出原子间是成键态还是反键态, 时间比较紧急，因为要急着写好文章投出去，您能不能简单的和我说一下计算过程，您只需要大体说一下过程就行，不用说太多，因为我现在刚学习这个，您说得多了我会糊涂的，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-26 21:42

Eliza-NZH 发表于 2016-7-26 15:04
老师，我知道原子间成键态比反键态能量低。结构更稳定，我现在就是想用NBO方法结合Multiwfn分析出原子间是 ...

最土的做法：用Multiwfn算个Mulliken键级，看符号是正负就完了。正是成键，负是反键。先载入.fch文件，然后输入9，再输入4。

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-26 22:16
非常感谢老师回复我问的这么低级的问题，再次感谢！

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-27 16:22
老师，我在做键级分析的时候，因为是开壳层体系，出来的键级数据分成α和β轨道的，还有最后Total, 我就想问一下，分析的时候是用α那组数据呢，还是Total那组数据？

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-27 16:25
The absolute value of bond order >=  0.050000
# 1: 1(Fe) 4(N ) Alpha: 0.138719 Beta:  0.131824 Total:  0.270543
# 2: 1(Fe) 5(C ) Alpha:  -0.026259 Beta: -0.028155 Total: -0.054414
# 3: 1(Fe) 8(C ) Alpha:  -0.026300 Beta: -0.028199 Total: -0.054499
# 4: 1(Fe) 9(N ) Alpha: 0.138766 Beta:  0.131808 Total:  0.270574

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