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标题: 求助，plumed的metad计算出来的DNA的一个base翻转的自由能太大 [打印本页]

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Author: 16aDream 时间: 2023-6-3 18:14
标题: 求助，plumed的metad计算出来的DNA的一个base翻转的自由能太大
在计算DNA的一个base翻转的自由能面，但是得到的自由能图像虽然形状没啥问题，但是自由能数值很离谱，有几千kj/mol，请问这是问什么？
metad的参数为：反应坐标为翻转角度，高斯势累加的频率是500 step，高度为 2 kj/mol, sigma为 0.2，grid从 -pi 到 pi 。
目前模拟了25ns，下图是翻转角度和base pair间距的散点图
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下面是sum_hill之后的自由能面

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