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标题: 求助关于超过5位数相同残基的gro文件如何运行的问题 [打印本页]

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-6-5 15:46
标题: 求助关于超过5位数相同残基的gro文件如何运行的问题
在对分子动力学教程的学习中，我使用solvate构建了一个30*30*10nm的三点水分子液池。
在此基础上，将盒子进行了扩充，并增加了一个收敛过的液体结构，构架了一个纯水的液池—液滴—真空体系。
此时，盒子里的残基数超过了gro文件的残基数5位上限。

1、在载入vmd检验该体系的时候，出现了一些奇怪的现象（见图），包括报错：
ERROR) MolAtom 98901: Exceeded maximum number of bonds (12).
ERROR) BaseMolecule: Excessive bonding errors encountered, perhaps atom coordinates are in the wrong units?
ERROR) BaseMolecule: Silencing bonding error messages.
2、使用txt打开，发现gro文件中进行了重复的残基编号（见图）。
3、论坛里有同学提到了相关问题，但是说不影响计算。sob老师在群里回答问题的时候也说gmx的分子无数量限制。
4、因此学生先把这个问题放在一边，尝试对该gro进行grompp。此时报错如下：
Fatal error:
Something is wrong in the coordinate formatting of file mix.gro. Note that gro
is fixed format (see the manual)

按照http://bbs.keinsci.com/thread-12864-1-1.html中sob老师的回答，把gro载入VMD再保存成gro文件。
保存为新的gro文件之后仍然无法进行grompp。取巧保存为pdb格式之后，可以进行grompp
5、grompp命令：
gmx grompp -f md50ps.mdp -p topol.top -c mix2.pdb -o mixnoair50ps.tpr
对md文件中的计算步数进行调整，使得计算费用可以接受之后，gmx反馈如下：
NOTE 1 [file md50ps.mdp]:
  You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts.
  You might want to consider using PME electrostatics.
NOTE 2 [file md50ps.mdp]:
  This run will generate roughly 8762 Mb of data

但是不能成功运行，直接结束了运算，见图。

问题：
遇到这种超过5位数的相同残基应该怎么处理gro文件呢？
我的文件应该怎么修改才能够运行呀
文件有点大。所以我把网盘链接贴到这里，希望老师们不吝赐教。
链接：https://pan.baidu.com/s/1RgXmqIRHIxBo_U9sf2uC1w?pwd=jun0
提取码：jun0

(, 下载次数 Times of downloads: 15) [attach]69382[/attach][attach]69382[/attach]

作者
Author: lyj714 时间: 2023-6-6 01:28
本帖最后由 lyj714 于 2023-6-7 21:38 编辑

哪个版本gmx生成的gro说清楚。

你提供的这个mix.gro的从第100002行开始是有问题的，错位了，你这一看就用的vmd另存为的gro，这是不行的，vmd1.9.3对于gro保存，超过10万原子就有问题，这本来就是vmd的bug。既然gro出问题，如果用这个gro转成pdb那肯定也是错的。

你并没有提供solvate生成的原始gro。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-6 07:09
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-6-6 21:20

sobereva 发表于 2023-6-6 07:09
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

知道了老师，不好意思，下次会注意的

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-6-6 22:05
本帖最后由 rdcfm1223 于 2023-6-6 22:23 编辑

lyj714 发表于 2023-6-6 01:28
哪个版本gmx生成的gro说清楚。

你提供的这个mix.gro的从第100002行开始是有问题的，错位了，你这一看就 ...

你好，首先感谢老师们能够有回复。

我使用的gmx版本是2020.6GPU加速版。

我使用solvate生成了两个文件，一个是drop.gro，另一个是waterlab.gro。
生成drop.gro之后，我使用editconf扩充了盒子，并且进行了简单的em\eq\prod。最终获得了一个自然收缩的液滴，是本回复链接里提供的dropmd.gro。
在这之后，我使用vmd扩充了waterlab.gro的盒子，并且对原子进行了整体移动，保存为box.gro。将把dropmd.gro中的第3行至倒数第二行的所有原子信息复制粘贴到了box.gro中相应信息的后面，并且修改了gro文件第二行的原子数为lab和drop的总和，产生mix.gro。为了残基顺序的正常，我把mix用vmd打开然后另存为覆盖了。

按照我自己写的记录，用到的命令顺序如下：
gmx solvate -box 10 10 10 -o waterbox.gro
生成10nm的水盒子
gmx editconf -f waterbox.gro -o drop.gro -box 30 30 30
扩充盒子30nm，
gmx grompp -f em.mdp -c drop.gro -p drop.top -o dropem.tpr
gmx mdrun -v -deffnm dropem
gmx grompp -f eq.mdp -c dropem.gro -p drop.top -o dropeq.tpr
gmx mdrun -v -deffnm dropeq
vmd dropeq.gro
水盒子未完全成球
gmx grompp -f prod.mdp -c dropeq.gro -p drop.top -o dropmd.tpr;200ps
gmx mdrun -v -deffnm dropmd
vmd dropmd.gro
水盒子已经生成液滴
[atomselect top all] moveby {0 0 100}.
为了之后与液池进行组合，再进行z方向上的适当微调

gmx solvate -box 30 30 10 -o waterlab.gro
pbc set {300 300 500}
[atomselect top all] moveby {0 0 20}
save as box.gro

将box、dropmd的gro文件手动合并，再修正总数目：98319+878340=976659，保存为mix.gro
修正topol.top为 SOL 325553

几个文件都在链接里。
链接: https://pan.baidu.com/s/1zns2QHvK4d1NBRq3kU_uZA?pwd=b8vf[/url] 提取码: b8vf

请问老师，有哪里可以改进来避免出现我这种问题的嘛

另外，solvate生成的其中一个原始文件waterlab.gro文件通过vmd可以正常打开。
如果是因为vmd对超过10万原子的保存有问题，那中间对原子的整体移动还有手动合并两个文件调整残基和原子序号的操作应该怎么处理呀。

作者
Author: lyj714 时间: 2023-6-6 22:47
本帖最后由 lyj714 于 2023-6-7 21:37 编辑

rdcfm1223 发表于 2023-6-6 22:05
你好，首先感谢老师们能够有回复。
我使用的gmx版本是2020.6GPU加速版。

你这个中间就涉及到一个waterlab.gro用过vmd移动处理过，并且这个gro超过了10W, 所以你如果用vmd平移以后，就必须保存为pdb格式而不是gro，否则结构就已经错了，你发的box.gro中格式就已经不对了。我意思是vmd1.9.3对超过10W原子体系保存为gro格式才会有问题，你全程用pdb格式保存不就行了。

作者
Author: rdcfm1223 时间: 2023-6-7 12:49

lyj714 发表于 2023-6-6 22:47
你这个中间就涉及到一个waterlab.gro用过vmd移动处理过，并且这个gro超过了10W, 所以你如果用vmd平移以后 ...

！好的，我试一试，谢谢老师

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