计算化学公社

标题: vasp建模时边缘处要不要加H原子 [打印本页]

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-7 12:36
标题: vasp建模时边缘处要不要加H原子
本帖最后由 Mr.zhen 于 2023-6-7 12:36 编辑

读到一篇文献，研究的是羟基吸附在C3N4表面的过程，使用vasp进行结构优化与能量计算，通过分析吸附前后C3N4的键长键角变化以及形成能来辅助解释结论。不过论文中贴出的图片如下，C3N4边界处的原子均加了H原子，而我从网上下载的cif结构是图2，只有CN两种元素。如果加了H会不会体现不出C3N4的周期性，因为vasp相比于Gaussian是不是更擅长周期性结构的计算，而加H后vasp的优势是不是就体现不出来了，或者说使用Gaussian也能算甚至算得更好

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 13:12
当周期性体系计算边缘不加加氢，若要当簇模型计算也绝对不该用VASP
说论文的时候主动说清楚什么论文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: pal 时间: 2023-6-7 14:59
从a图看这不像是C3N4的结构呢

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-7 15:25

sobereva 发表于 2023-6-7 13:12
当周期性体系计算边缘不加加氢，若要当簇模型计算也绝对不该用VASP
说论文的时候主动说清楚什么论文
在网 ...

不好意思。此论文研究的是气-固光催化体系下g-C3N4的自分解机理，认为气体中的羟基吸附至g-C3N4表面会导致其发生分解，并通过vasp计算进行辅助解释机理，发现羟基吸附后会拉长各C-N键，并认为会在最长的C-N键处发生断裂，破坏C3N4的结构单元，此外还计算了形成能与bader电荷。这篇论文引用量还蛮高，所以我有意通过模仿此篇论文作为学习vasp的练手，但是观其建模感觉有些问题

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-7 15:27

pal 发表于 2023-6-7 14:59
从a图看这不像是C3N4的结构呢

是的，文中似乎是将C3N4的几个结构单元单独拿出来了，然后断键处加了H原子，不过总觉得似乎不应该如此建模

作者
Author: pal 时间: 2023-6-7 16:28

Mr.zhen 发表于 2023-6-7 15:27
是的，文中似乎是将C3N4的几个结构单元单独拿出来了，然后断键处加了H原子，不过总觉得似乎不应该如此建 ...

如果研究的是C3N4体系的话，感觉建模是有问题的，中间有长条状的空隙，引用量高大概率是因为实验部分

作者
Author: congxun 时间: 2023-6-9 10:57
DOI是多少呢

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