计算化学公社

标题: 求助，模拟结冰时，溶液融化了 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-6 16:17
标题: 求助，模拟结冰时，溶液融化了
本帖最后由非好汉于 2023-6-6 18:41 编辑

各位大佬，我模拟了一个含有乙酸的冰水体系，进行了30 ns的模拟，发现冰在5 ns就基本融化完了，不知道怎么回事，还请各位大佬指教。（水模型使用的是公社里sob老师给的tip4p-ice，单个水分子是用tip4p.gro通过删减得到的，冰是用genice构建的四点冰，使用的gromacs版本是sob老师编译的2020.6gpuwin64版）链接:https://pan.baidu.com/s/13L6RLNDr986XJgqC8w9jcA 提取码:o862 （链接中无trr和xtc文件，太大了）补上xtc文件链接:https://pan.baidu.com/s/1dcEnAkUYz61UsiOXrqZnxg 提取码:8sq4
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-6 19:39
模拟温度是否低于你所模拟的浓度下的乙酸溶液的冰点？乙酸溶液的冰点比纯水冰点低。另外还要考虑到力场的误差可能导致纯水本身的冰点都低于0度

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 13:35
在研究这个之前先把冰+纯水体系的结冰成功模拟出来再说
如果还融化了，把模拟温度降得更低；如果还融化了，把冰的部分冻结再看看情况
步步为营
“单个水分子是用tip4p.gro通过删减得到的” 动机不明，本来tip4p/ice就是四点水模型，直接就能对应tip4p.gro

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-7 16:38
本帖最后由非好汉于 2023-6-7 16:40 编辑

sobereva 发表于 2023-6-7 13:35
在研究这个之前先把冰+纯水体系的结冰成功模拟出来再说
如果还融化了，把模拟温度降得更低；如果还融化了 ...

老师，冰水结冰模拟出来了，就是后期靠近盒子边缘结冰速率慢（npt）。求助，模拟纯冰水结冰，结冰速度前期很快，后期速度很慢
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=42672
(出处: 计算化学公社)
单个水分子是为了用packmol构建盒子，所以想获取单个四点水分子，tip4p.gro是自带的一个文件，所以在这个基础上删减，也试过gmx solvate -cs tip4p.gro -maxsol 1 -box 1 1 1 -o box.gro，然后把盒子去掉；想过gmx solvate和gmx insert-molecules，但感觉不如packmol好用，还请老师指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 06:48

非好汉发表于 2023-6-7 16:38
老师，冰水结冰模拟出来了，就是后期靠近盒子边缘结冰速率慢（npt）。求助，模拟纯冰水结冰，结冰速度前 ...

对于加水，能用gmx solvate就不要用packmol，后者填的水远不如前者致密

尝试加大垂直于表面方向的盒子尺寸，避免因为水层厚度逐渐减小导致水的行为特征改变而结冰速度发生改变

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-8 16:06

sobereva 发表于 2023-6-8 06:48
对于加水，能用gmx solvate就不要用packmol，后者填的水远不如前者致密

尝试加大垂直于表面方向的盒子 ...

好的，老师

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-10 18:18

sobereva 发表于 2023-6-8 06:48
对于加水，能用gmx solvate就不要用packmol，后者填的水远不如前者致密

尝试加大垂直于表面方向的盒子 ...

老师，我先用packmol构建了一个左右两边含有数个乙酸分子中间为冰的盒子，然后使用gmx solvate加水，发现六方冰的空隙中也加了水分子，想问一下老师这怎么解决？如果使用我原来的方法去获得单个四点水水分子，再去用packmol构建盒子，这样可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-11 09:49

非好汉发表于 2023-6-10 18:18
老师，我先用packmol构建了一个左右两边含有数个乙酸分子中间为冰的盒子，然后使用gmx solvate加水，发现 ...

VMD里用选择语句，把冰的部分和两侧部分的水选上保存成新的结构文件。根据原子序号可以区分冰和后来加的水

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-13 11:31

sobereva 发表于 2023-6-11 09:49
VMD里用选择语句，把冰的部分和两侧部分的水选上保存成新的结构文件。根据原子序号可以区分冰和后来加的 ...

好的，老师，我试试

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-6-19 16:48

wzkchem5 发表于 2023-6-6 19:39
模拟温度是否低于你所模拟的浓度下的乙酸溶液的冰点？乙酸溶液的冰点比纯水冰点低。另外还要考虑到力场的误 ...

大佬，我查到了一篇有关于乙酸水溶液相图的文章，确实不同浓度下冰点差异很大，感谢大佬的指点。

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