计算化学公社

标题: 求助cp2k算aimd结果中的径向分布函数问题 [打印本页]

作者
Author: stewart1983 时间: 2023-6-7 11:00
标题: 求助cp2k算aimd结果中的径向分布函数问题
请问，使用cp2k算钠离子电池电解液的aimd结果中，想通过径向分布函数分析钠离子与若干组分中的O之间的键长，如何实现如下文献中的径向分布函数图，用以分别统计钠离子与不同组分中的O的距离？谢谢

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文献链接：[img]file:///C:\Users\stewart1983\AppData\Roaming\Tencent\QQTempSys\[5UQ[BL(6~BS2JV6W}N6[%S.png[/img]https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202112382

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 13:41
VMD自带的rdf插件就能实现，被计算的组用恰当的选择语句选定特定的氧就完了（结合原子名、残基名。载入CP2K的轨迹之前先载入一个含有这些信息的pdb文件）
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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