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标题: 关于COLVARS中upperBoundary和lowerBoundary理解问题 [打印本页]

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Author: 秋心 时间: 2023-6-7 11:10
标题: 关于COLVARS中upperBoundary和lowerBoundary理解问题
各位老师好，我在使用lammps+colvars程序和伞形采样的方法计算一分子的气液分配时，偶然间遇到一个问题，我误把upperBoundary设置成centers，分析得到的结果，发现histogram1.dat和colvars.traj中的数据不一致，histogram1.dat中的数据严格在upperBoundary和lowerBoundary限定范围内，但是colvars.traj文件中存在超过upperBoundary和lowerBoundary限定范围的数据，我去看了这篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=30893里面提到upperBoundary和lowerBoundary是定义记录上下界的意思。我可不可以这样理解：
1.colvars.traj中的数据记录的是分子在伞形采样中真实存在的状态，而histogram1.dat是根据upperBoundary和lowerBoundary限定的范围来记录想要看到的分子存在状态？
2.设置的upperBoundary和lowerBoundary不会影响伞形采样中分子的存在状态？这样就不会影响伞形采样的结果？
感谢各位老师花时间看我这篇帖子，底子比较薄弱，希望各位老师不吝赐教。

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