计算化学公社

标题: npt过程出现Some interactions seem to be assigned multiple times报错 [打印本页]

作者
Author: confidence 时间: 2023-6-7 21:18
标题: npt过程出现Some interactions seem to be assigned multiple times报错
  各位老师好，本人想用gmx来模拟PVDF/BTO基底对离子通道的影响，建立的模型如图所示（删去了水分子，水分子是完全充满整个盒子的），经过em后进行npt时出现报错Some interactions seem to be assigned multiple times。
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  离子通道采用amber14sb力场，由pdb2gmx生成；PVDF和BTO都是用sobtop生成，原子电荷用resp电荷；水模型为tip3p。出现报错后已经根据sob老师的博文sobtop\FAQ8里的内容先自行查找原因。目前测试结果为：离子通道和PVDF/BTO分别在水环境下都能正常跑完em/npt/md。尝试修改mdp文件的设置（比如改变控压方式、去掉限制、降低温度）等都无法解决问题。

  麻烦各位老师看看究竟是哪里出了问题，谢谢各位老师。（所涉及到的文件如下）
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 07:09
没提供完整信息，诸如./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp以及引入的拓扑文件具体什么样，肯定是你自己改过的

./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp

有的错误显而易见，诸如下面的地方应当在#include "./amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp"后面出现
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif

应当提供含有报错的上下文的完整截图或输出文件

这种提示按理说是拓扑文件里有的地方有重复定义的项，反复仔细检查和对比肯定能搞清楚

作者
Author: confidence 时间: 2023-6-8 10:35

sobereva 发表于 2023-6-8 07:09
没提供完整信息，诸如./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp以及引入的拓扑文件具体什么样，肯定是你自己 ...

  非常感谢sob老师的耐心回答，按照您的说法我去检查了是否有atomtype等的重复，还是找不到哪里出错。

  报错的话除了Some interactions seem to be assigned multiple times，有时还会出现下面文件中的output所示错误。

  我将老师您说的./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp中的具体文件上传，我所作出的修改只是在ffnonbonded.itp中增加了由sobtop根据gaff/uff力场生成的PVDF/BTO的atomtypes而已呢。麻烦老师您再帮忙看看是否哪里还有误，感谢老师

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 13:37

confidence 发表于 2023-6-8 10:35
非常感谢sob老师的耐心回答，按照您的说法我去检查了是否有atomtype等的重复，还是找不到哪里出错。

...

我没看到含有Some interactions seem to be assigned multiple times报错的输出文件

另外那个报错就是老生常谈的问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: confidence 时间: 2023-6-8 14:05

sobereva 发表于 2023-6-8 13:37
我没看到含有Some interactions seem to be assigned multiple times报错的输出文件

另外那个报错就是 ...

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sob老师标题中报错的output文件是在这里呢，我尝试了修改不同的参数，得到了不同的报错信息。

按照您的这个博客中解决方法，我基本都试过了，就是仍然解决不了才发到论坛上。麻烦老师您有空的时候能否帮我看看究竟是哪里出问题呢，十分感谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 14:28
甭用MPI版

作者
Author: confidence 时间: 2023-6-8 16:43

sobereva 发表于 2023-6-8 14:28
甭用MPI版

好的sob老师，我换一下其他版本的试试看可以不。

但是老师我以前也是用同样的版本，跑其他模拟没问题，为什么这时候就可能是版本的问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-9 06:21

confidence 发表于 2023-6-8 16:43
好的sob老师，我换一下其他版本的试试看可以不。

但是老师我以前也是用同样的版本，跑其他模拟没问题 ...

先把任何可能碍事的因素排除掉
本来单机用MPI版就是自取其辱的事，编译更麻烦运行速度还更慢

作者
Author: chema 时间: 2023-6-12 21:40
你好，我也是使用npt模拟，只不过我是跑退火模拟，出现了同样的问题，您是怎么解决的呢？

作者
Author: confidence 时间: 2023-7-1 18:05
本帖最后由 confidence 于 2023-7-4 21:55 编辑

sobereva 发表于 2023-6-9 06:21
先把任何可能碍事的因素排除掉
本来单机用MPI版就是自取其辱的事，编译更麻烦运行速度还更慢

sob老师，我这阵子用了不同版本的gmx去尝试，还是出现相同的报错，所以我认为可能无法运行跟我的版本没太大关系。再次认真检查和测试后，我觉得主要原因是出在了PVDF的拓扑文件上（因为离子通道与BTO是可以运行的，再加上PVDF时就报错），可以麻烦老师看看我这个是否哪里有问题吗，实在不知道怎么才能让我这个模拟运行起来了。感谢老师

麻烦老师有空的时候看看呢，按照学生的认知不明白究竟是怎么进行下去了。

作者
Author: xiejuan 时间: 2023-7-11 10:28

confidence 发表于 2023-7-1 18:05
sob老师，我这阵子用了不同版本的gmx去尝试，还是出现相同的报错，所以我认为可能无法运行跟我的版本没太 ...

请问Some interactions seem to be assigned multiple times这个问题解决了吗？我是nvt时候遇到了同样的问题，谢谢！

作者
Author: confidence 时间: 2023-7-11 10:53

xiejuan 发表于 2023-7-11 10:28
请问Some interactions seem to be assigned multiple times这个问题解决了吗？我是nvt时候遇到了同样的 ...

我最近还没时间完全弄清楚原因，但是经过我的测试这个问题跟版本可能并没有太大的关联，可能还是拓扑文件或者结构本身存在问题，我建议你先按照下面sob老师的博文排查下。

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: xiejuan 时间: 2023-7-11 11:47

confidence 发表于 2023-7-11 10:53
我最近还没时间完全弄清楚原因，但是经过我的测试这个问题跟版本可能并没有太大的关联，可能还是拓扑文件 ...

Fatal error:
There is no domain decomposition for 48 ranks that is compatible with the
given box and a minimum cell size of 7.56341 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition本来是这个错误，所以加-rdd后报Some interactions seem to be assigned multiple times错误。改成：gmx mdrun -deffnm nvt -ntmpi 1运行通过

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