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标题: 运行pr这一步的时候没有pr.gro文件生成 [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-6-7 22:14
标题: 运行pr这一步的时候没有pr.gro文件生成
本帖最后由 ShineZhu 于 2023-6-7 23:28 编辑

请问在跑到限制性动力学这一步的时候，用到以下命令 gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -r em.gro -o pr.tpr
gmx mdrun -v -deffnm pr
请问上述命令跑完之后会生成一个pr.gro的文件吗？
我跑完之后生成了pr.xtc pr.edr等文件，但是却没有这个pr.gro这个文件，请问这是为什么呀？因为下一步中命令需要用到pr.gro。谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 07:20
会生成
没找对位置，或删了，或没跑完
如果确信任务完整跑完了，把cpt文件转成gro就完了

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-6-10 21:31

sobereva 发表于 2023-6-8 07:20
会生成
没找对位置，或删了，或没跑完
如果确信任务完整跑完了，把cpt文件转成gro就完了

谢谢老师，不过还是再请教一个问题，就是运行之后，只有pr.tpr的生成，是不是因为有一下这个warn所以没有pr.gro等文件的生成呀？谢谢老师的解答。程序命令是运行完了，因为最后有那个引用的话的出现。
Command line:
  gmx_mpi grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -r em.gro -o pr.tpr -maxwarn 1

WARNING 1 [file pr.mdp]:
  The Berendsen barostat does not generate any strictly correct ensemble,
  and should not be used for new production simulations (in our opinion).
  For isotropic scaling we would recommend the C-rescale barostat that also
  ensures fast relaxation without oscillations, and for anisotropic scaling
  you likely want to use the Parrinello-Rahman barostat.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-11 09:46

ShineZhu 发表于 2023-6-10 21:31
谢谢老师，不过还是再请教一个问题，就是运行之后，只有pr.tpr的生成，是不是因为有一下这个warn所以没有 ...

pr.gro是mdrun跑完了才会产生的

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-6-11 16:52

sobereva 发表于 2023-6-11 09:46
pr.gro是mdrun跑完了才会产生的

老师我跑了的，就是跑了mdrun只产生了pr.tpr没有其他文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-12 10:43

ShineZhu 发表于 2023-6-11 16:52
老师我跑了的，就是跑了mdrun只产生了pr.tpr没有其他文件。

你都没搞明白grompp和mdrun是什么关系
grompp是产生tpr用的，mdrun是基于tpr跑模拟用的
“mdrun只产生了pr.tpr”这是严重错误描述

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-6-12 17:13

sobereva 发表于 2023-6-12 10:43
你都没搞明白grompp和mdrun是什么关系
grompp是产生tpr用的，mdrun是基于tpr跑模拟用的
“mdrun只产生 ...

不好意思老师，我没有以正确形式提问，实在抱歉。就是我运行了grompp和mdrun之后只生产了tpr xtc log等文件但是gro文件却没有。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-13 11:49

ShineZhu 发表于 2023-6-12 17:13
不好意思老师，我没有以正确形式提问，实在抱歉。就是我运行了grompp和mdrun之后只生产了tpr xtc log等文 ...

mdrun没正常运行完
没其它可能

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-6-14 08:17

sobereva 发表于 2023-6-13 11:49
mdrun没正常运行完
没其它可能

嗯好的，非常谢谢老师。尽管出现了名人名人也不是意味着这就是完全正常运行完了对吧老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 09:54

ShineZhu 发表于 2023-6-14 08:17
嗯好的，非常谢谢老师。尽管出现了名人名人也不是意味着这就是完全正常运行完了对吧老师。

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