计算化学公社

标题: VMD里面角度随帧数变化曲线怎么获得？ [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-23 22:28
标题: VMD里面角度随帧数变化曲线怎么获得？
在VMD分析的时候，想把CO2分子的角度随着frames变化曲线，不知道这个tcl怎么写

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-24 00:53
用不着写脚本。图形窗口里点数字键3，然后点击三个原子，使这个角度被标注上，之后graphics-labels-angles，在graph标签页直接就能看随时间的变化图

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-24 11:28

sobereva 发表于 2016-7-24 00:53
用不着写脚本。图形窗口里点数字键3，然后点击三个原子，使这个角度被标注上，之后graphics-labels-angles ...

谢谢Sob老师，这样角度会出现跳来跳去的情况，因为这是180度附近的变化，所以很容易识别成了0到10度，所以我想用tcl处理以下，方便直接看，但是没找到命令

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-24 12:42

dark_cosmos 发表于 2016-7-24 11:28
谢谢Sob老师，这样角度会出现跳来跳去的情况，因为这是180度附近的变化，所以很容易识别成了0到10度，所 ...

你就在VMD里导出数据之后，写个小程序转换一下角度使之连续就完了

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-24 12:54

sobereva 发表于 2016-7-24 12:42
你就在VMD里导出数据之后，写个小程序转换一下角度使之连续就完了

恩恩，好的，就是过程稍微有些麻烦，因为需要频繁去查看，没有tcl跑的方便（PS：难道tcl中真的没有angle这种命令！）

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-7-24 18:47
本帖最后由 fhh2626 于 2016-7-24 18:48 编辑

dark_cosmos 发表于 2016-7-24 12:54
恩恩，好的，就是过程稍微有些麻烦，因为需要频繁去查看，没有tcl跑的方便（PS：难道tcl中真的没有angle ...

遍历每一帧，然后输出measure angle的值就行了

或者可以用measure center以后进行向量运算（如果是三个group之间的角度的话）。具体某个命令，你查VMD的手册比在这里问快多了

作者
Author: namd学者 时间: 2021-6-16 15:21

fhh2626 发表于 2016-7-24 18:47
遍历每一帧，然后输出measure angle的值就行了

或者可以用measure center以后进行向量运算（如果是三 ...

请问一下老师，遍历每一帧这个命令是什么呢

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