计算化学公社

标题: VMD语句作DNA与金属离子径向数密度分布的统计问题 [打印本页]

作者
Author: Wxy1998 时间: 2023-6-8 11:24
标题: VMD语句作DNA与金属离子径向数密度分布的统计问题
请问想使用VMD脚本对DNA与金属离子作径向数密度分布统计时，语句中的“resname"应改成什么

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-8 13:23
没意义的问题
连结构文件都不给，谁知道残基名、原子名之类实际是什么
而且对DNA的具体什么部分计算rdf交代清楚

作者
Author: Wxy1998 时间: 2023-6-9 08:33

sobereva 发表于 2023-6-8 13:23
没意义的问题
连结构文件都不给，谁知道残基名、原子名之类实际是什么
而且对DNA的具体什么部分计算rdf交 ...

不好意思sob老师，您请看gro文件如下截取（两部分），我的体系是DNA与Na和K。请问可以对DNA整体进行金属离子的平均原子数和数密度进行统计吗？还是只可以对DNA的某个碱基进行与金属离子之间的统计？麻烦您了老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 07:12

Wxy1998 发表于 2023-6-9 08:33
不好意思sob老师，您请看gro文件如下截取（两部分），我的体系是DNA与Na和K。请问可以对DNA整体进行金属 ...

取决于你想研究什么，取DNA所有原子纳入统计不会有什么实际意义

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)