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标题: 如何将体系能量和散点图或IRI图联系起来 [打印本页]

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Author: Caroline2022 时间: 2023-6-8 18:28
标题: 如何将体系能量和散点图或IRI图联系起来
本帖最后由 Caroline2022 于 2023-6-8 18:28 编辑

各位老师好，我仿照Sob老师的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html构建了一种柔性高分子材料的11种构象（能量最大相差5kcal/mol），又follow老师的方法http://sobereva.com/598，用IRI方法图形化考察了不同构象中的化学键和弱相互作用，按照能量从低到高，分别选取了第1，第5，第15个构象的IRI图像和对应的散点图，如下所示：

有以下两个问题，向各位老师请教：

1.对比三个散点图，发现在横轴-0.030~-0.025区间内，构象1是有分开的两个CP的，但是构象5和11只有一个CP，或者是两个CP因为距离太近无法区分。那么CP分开与否对能量是否有影响呢？这个区间应该对应的弱相互作用，在IRI图形中表示为绿色的部分，但是在构象5和11图形中反而绿色的区域面积比构象1更大，那么是否意味着构象5和11的弱相互作用区域更广，能量也更低呢？这也与高精度计算得到的能量排列顺序是相反的。
2. 散点图中，横轴为-0.125处可能与体系的内氢键相对应，这三个构象此处的散点图并无区别。但是从IRI图中发现，构象1和11的两个内氢键分别是两个羟基之间和其中一个羟基和Si-O-Si主链中一个O之间的，而构象5中的两个内氢键是分别两个羟基与i-O-Si主链中不同的两个O之间的。请问这种不同会影响体系的能量么？

由于是同一体系的不同构象，因此它们的化学键和弱相互作用方式都很相近，但是又由于构象的不同导致了能量的不同，这种能量的差异究竟应该从什么角度去讨论才合理呢？还请各位老师不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 10:56
1 不要把spike和CP画等号。倘若俩不同空间位置的CP的sign(lambda2)rho正好一样，spike也就只有一个。说CP的时候必须把含有临界点的图给出来
spike是否分开什么也不直接说明

2 相互作用多的时候，别拿着散点图去猜，直接把临界点画上去查询临界点数值多好
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207

把所有等值面根据作用强弱分类（单位作用区域强度类似的，若作用面积明显不同，分为不同的类），列成表然后数数目并结合强度加权试图解释。解释不了的就别强行解释

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