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标题: 求助：GROMCAS中使用MMPBSA计算结合自由能 [打印本页]

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Author: WuQs 时间: 2023-6-8 19:43
标题: 求助：GROMCAS中使用MMPBSA计算结合自由能
本人刚接触MMPSBA计算结合能，目前得知这种做蛋白质和配体效果很好，但是我的体系是几种小分子有机物，想研究的组分一组是溶质分子，另一组是乙醇；但是不知道为什么，算出来的文件PB SA两列都是0，是因为隐式溶剂模型的原因吗，还是我的轨迹文件有问题，有些迷茫，想请教各位大佬。
#Frame    Binding( with DH ) | MM ( with DH ) PB       SA    | COU ( with DH )    VDW |    PBcom       PBpro       PBlig  | SAcom    SApro    SAlig
_pid~30ns    -8.775(  -13.541) | -8.775(  -13.541)    0.000    0.000 | -4.136( -8.902) -4.639 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~31ns    -48.899(  -24.066) | -48.899(  -24.066)    0.000    0.000 | -47.306(  -22.473) -1.593 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~32ns    -129.613(  -34.574) |  -129.613(  -34.574)    0.000    0.000 |  -122.038(  -26.998) -7.575 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~33ns       3.322(  -27.947) |    3.322(  -27.947)    0.000    0.000 | 11.374(  -19.895) -8.052 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~34ns    52.014( 2.467) | 52.014( 2.467)    0.000    0.000 | 52.198( 2.651) -0.184 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~35ns    -2.148( -7.283) | -2.148( -7.283)    0.000    0.000 |    4.628( -0.507) -6.776 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~36ns    -8.574( -1.233) | -8.574( -1.233)    0.000    0.000 | -8.329( -0.989) -0.244 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~37ns    -68.131(  -41.140) | -68.131(  -41.140)    0.000    0.000 | -61.768(  -34.777) -6.362 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~38ns    24.919( -1.219) | 24.919( -1.219)    0.000    0.000 | 25.504( -0.634) -0.585 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~39ns    27.134( 3.370) | 27.134( 3.370)    0.000    0.000 | 27.363( 3.599) -0.229 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
_pid~40ns    -41.152( -9.895) | -41.152( -9.895)    0.000    0.000 | -38.933( -7.676) -2.219 |       0.000       0.000       0.000 |    0.000    0.000    0.000
----------------------------------|------------------------------------------|--------------------------------|
  dH=       -18.173(  -14.096) | -18.173(  -14.096)    0.000    0.000 | -14.677(  -10.600) -3.496 |
-TdS=          64.442( 13.378) |
----------------------------------|
  dG=          46.269( -0.719) kJ/mol = 11.059( -0.172) kcal/mol
  Ki=       2.440E+14(7.408E+05)  uM = 2.440E+17(7.408E+08) nM
+==============================================================+
         dG = RTln(Ki) = -RTln(KA)
         Ki = 1/KA = exp(dG/RT) = IC50 = EC50
+==============================================================+
| M(mol/L) |  m/u/pM | dG(kcal/mol) | dG(kJ/mol) | Affinity |
|==============================================================|
| 0.1    | 100  mM | -1.364 | -5.708 |          |
| 0.01    |  10  mM | -2.728 |  -11.416 |          |
| 0.001 | 1  mM | -4.093 |  -17.124 |          |
| 0.0001 | 100  uM | -5.457 |  -22.832 | Weak       |
|--------------------------------------------------------------|
| 0.00001  |  10  uM | -6.821 |  -28.540 |          |
| 1.0E-06  | 1  uM | -8.185 |  -34.248 | Medium    |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-07  | 100  nM | -9.550 |  -39.956 |          |
| 1.0E-08  |  10  nM | -10.914 |  -45.664 |          |
| 1.0E-09  | 1  nM | -12.278 |  -51.372 | Strong    |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-10  | 100  pM | -13.642 |  -57.080 |          |
| 1.0E-11  |  10  pM | -15.007 |  -62.788 |          |
| 1.0E-12  | 1  pM | -16.371 |  -68.496 | Very strong |
+==============================================================+

作者
Author: Taylor-sweet 时间: 2023-6-12 16:44
我有类似的问题

，如果dG算出来是正值，与给出的表格对比的话，是不是意味着亲和力很低呢

作者
Author: WuQs 时间: 2023-6-12 20:38

Taylor-sweet 发表于 2023-6-12 16:44
我有类似的问题，如果dG算出来是正值，与给出的表格对比的话，是不是意味着亲和力很低呢

额，结合自由能不应该是正的，如果是正的，说明两者有点排斥，应该不是结合强不强的问题

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-12-23 10:54
您好，想请教一个问题，请问你知道Binding( with DH ) 里面的DH 是指的什么吗

作者
Author: casea 时间: 2023-12-23 12:30

uenh1998 发表于 2023-12-23 10:54
您好，想请教一个问题，请问你知道Binding( with DH ) 里面的DH 是指的什么吗

德拜-休克尔校正
https://en.wikipedia.org/wiki/Debye%E2%80%93H%C3%BCckel_theory

作者
Author: uenh1998 时间: 2024-1-5 16:39

casea 发表于 2023-12-23 12:30
德拜-休克尔校正
https://en.wikipedia.org/wiki/Debye%E2%80%93H%C3%BCckel_theory

感谢

作者
Author: 我是厦彼 时间: 2024-4-2 20:17
请问问题解决了吗。我算出来PB和SA也是0，但是我用JZ4测试算出来是正常的

作者
Author: casea 时间: 2024-4-2 20:27

我是厦彼发表于 2024-4-2 20:17
请问问题解决了吗。我算出来PB和SA也是0，但是我用JZ4测试算出来是正常的

没正常调用APBS，建议检查一下APBS有没有装好

作者
Author: 包鑫鑫 时间: 2024-6-15 20:57

casea 发表于 2023-12-23 12:30
德拜-休克尔校正
https://en.wikipedia.org/wiki/Debye%E2%80%93H%C3%BCckel_theory

请问 binding 和DH哪个更可靠

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