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标题: AMBER14SB力场描述诸如COO-类带电基团的光谱性质怎么样 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2023-6-9 21:39
标题: AMBER14SB力场描述诸如COO-类带电基团的光谱性质怎么样
各位老师好，我结合 http://sobereva.com/365 帖子计算了某离子通道蛋白的通道部分——谷氨酸的COO-基团的光谱。据相关文献报道，COO-基团的对称和非对称振动频率为1400cm-1和1605cm-1，而我计算的光谱两个峰的位置与2频率相差90cm-1和33cm-1。温度为常温300K，一个大气压。力场为AMBER14SBOL15+TIP3P水。经检查排除模拟操作的问题，计算光谱的操作也是从蛋白平衡开始计算。

想问下老师，频率差这些，是不是错误的。AMBER14SBOL15力场描述带电基团的光谱性质精度怎么样，有没有更推荐的分子力场呢。

感谢老师们

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 07:50
算不上有多大差异
一个最简单形式且通用目的的蛋白质力场+水模型，不可能指望算出的频率能和实验吻合有多好。只需要关注你想研究的问题，别管绝对误差

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-6-10 08:39

sobereva 发表于 2023-6-10 07:50
算不上有多大差异
一个最简单形式且通用目的的蛋白质力场+水模型，不可能指望算出的频率能和实验吻合有多 ...

谢谢老师，那我接着算出的光谱数据进行研究了

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-6-14 20:42
本帖最后由 uenh1998 于 2023-6-14 21:43 编辑

sobereva 发表于 2023-6-10 07:50
算不上有多大差异
一个最简单形式且通用目的的蛋白质力场+水模型，不可能指望算出的频率能和实验吻合有多 ...

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社长，这是我算的Asp氨基酸的谱，黑色是gmx模拟结果，红色是实验结果（1THz=33.33cm-1）。组合是AMBER14SB+TIP3P（排除模拟过程中的操作问题）。这放到论文里结果差那么大，如果社长是审稿人的话会不会质疑。不过可以明显的看到主要的峰相比实验都是往高频段偏移。
同时我还有个问题，根据偶极矩计算的IR谱，是由蛋白在溶剂中的动力学模拟过程得到的。也就是说也与水模型有关，如果是要得到比较准确的谱，就必须要用好的水模型如OPC3了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-16 11:17

uenh1998 发表于 2023-6-14 20:42
社长，这是我算的Asp氨基酸的谱，黑色是gmx模拟结果，红色是实验结果（1THz=33.33cm-1）。组合是AM ...

建议你先模拟用不同水模型模拟纯水的IR跟实验的比比
OPC3模拟水的物理性质好，不代表模拟IR也好

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Author: uenh1998 时间: 2023-6-16 19:10

sobereva 发表于 2023-6-16 11:17
建议你先模拟用不同水模型模拟纯水的IR跟实验的比比
OPC3模拟水的物理性质好，不代表模拟IR也好

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这个计算纯水的光谱我倒是提前算过了，这三个图分别是OPC3 SPC/E TIP3P模型的IR，很明显看到OPC3的光谱性质更好一些。但是考虑到AMBER14SBOL15的御用模型是TIP3P，我一直顾忌要不要用OPC3代替TIP3P与OL15组合模拟光谱性质，之后进一步模拟蛋白构象

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-17 11:21

uenh1998 发表于 2023-6-16 19:10
这个计算纯水的光谱我倒是提前算过了，这三个图分别是OPC3 SPC/E TIP3P模型的IR，很明显看到OPC3的 ...

优势这么显著，明显应该用OPC3。结合AMBER19SB更好

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Author: uenh1998 时间: 2023-6-17 14:29

sobereva 发表于 2023-6-17 11:21
优势这么显著，明显应该用OPC3。结合AMBER19SB更好

但是AMBER19SB的力场包，我找了好久没找到发布的zip压缩包，不知道老师可不也可以指点一下获取的渠道

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Author: sobereva 时间: 2023-6-17 15:59

uenh1998 发表于 2023-6-17 14:29
但是AMBER19SB的力场包，我找了好久没找到发布的zip压缩包，不知道老师可不也可以指点一下获取的渠道:diz ...

尝试ambertools的leap产生拓扑文件，然后parmED转成gmx的

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Author: uenh1998 时间: 2023-6-19 21:29

sobereva 发表于 2023-6-17 15:59
尝试ambertools的leap产生拓扑文件，然后parmED转成gmx的

社长，能否直接用ambertools的acpype产生蛋白的19SB力场的拓扑文件呢。
还有个问题，如果产生了拓扑文件，但是没有19SB的力场包，这样的拓扑文件直接用会不会出错呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-19 22:16

uenh1998 发表于 2023-6-19 21:29
社长，能否直接用ambertools的acpype产生蛋白的19SB力场的拓扑文件呢。
还有个问题，如果产生了拓扑文件 ...

acpype不是AmberTools里的

不会。拓扑文件里直接带着完整参数就不需要额外用力场包

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Author: uenh1998 时间: 2023-6-20 09:57
本帖最后由 uenh1998 于 2023-6-20 18:06 编辑

sobereva 发表于 2023-6-19 22:16
acpype不是AmberTools里的

不会。拓扑文件里直接带着完整参数就不需要额外用力场包

十分感谢社长的回复，按社长说的方法试了试，出现了几个问题：
1、在执行tleap -f leaprc.protein.ff19SB这个步骤后，出现了如下的情况（大概是19SB力场参数没有定义离子），直接去掉离子应该能解决，但是离子在关键位点，模拟时候又需要带着。有没有什么办法可以解决这个呐。

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2、然后我就去掉了这些没定义的离子，并利用parmed成功由amber转换成了gromacs的top文件，打开后发现atomtype部分 charge都为0，且在atomtypes 与 moleculetype之间出现了cmaptypes这个gromacs没有的东西，这个atomtypes的电荷和cmaptypes该怎么处理才能用于gmx的模拟呢。
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