计算化学公社

标题: 计算金属离子与有机配体的作用使用的基组和关键词问题 [打印本页]

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-9 21:54
标题: 计算金属离子与有机配体的作用使用的基组和关键词问题
计算小白一枚，想计算一下某个金属离子（第四周期的过渡金属）与某个有机配体的之间在酸性条件下的特定的络合作用，请教大家用的是什么基组，需要添加哪些关键词呢，是否加了基组重叠校正呢？

作者
Author: yjb 时间: 2023-6-10 00:22
谈谈量子化学中基组的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 07:52
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子与有机配体的作用” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 07:53
仔细看Q11再问此类问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-12 10:35

sobereva 发表于 2023-6-10 07:53
仔细看Q11再问此类问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://so ...

谢谢老师的指正，我再修正一下之前的问题：我想计算一个有机配体（71个原子，C30H26N2O3）和一个+3价的第四周期过渡金属离子之间的相互作用，应该选择什么基组和关键词。用G16版本在52核104线程*2的服务器上进行计算。这样的配置如果想算溶液体系可以吗？又应该注意什么呢？谢谢您的不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-12 10:47

杉杉JY 发表于 2023-6-12 10:35
谢谢老师的指正，我再修正一下之前的问题：我想计算一个有机配体（71个原子，C30H26N2O3）和一个+3价的第 ...

优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐式溶剂模型。注意过渡金属离子必须配位饱和（除了这个有机分子作为配体外，如果过渡金属离子还有额外的配位能力，得把溶剂分子作为配体考虑进去）

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-12 10:59

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

谢谢您，另外我还想请教一下，如果我就只做这个有机物在水溶剂条件下的相关优化（先不考虑与金属离子的作用），但是这个水溶剂比较特殊，是pH=2的酸性的水溶液，这种情况应该怎么去设置一些参数或者关键词满足酸性的水溶液呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-12 15:45

杉杉JY 发表于 2023-6-12 03:59
谢谢您，另外我还想请教一下，如果我就只做这个有机物在水溶剂条件下的相关优化（先不考虑与金属离子的作 ...

参见https://mattermodeling.stackexch ... molecules/9605#9605

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-12 21:54
本帖最后由杉杉JY 于 2023-6-12 21:59 编辑

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

请问老师，这里的关键词哪里错了啊？已上传gjf附件

作者
Author: wzm12天空 时间: 2023-6-13 08:56

杉杉JY 发表于 2023-6-12 21:54
请问老师，这里的关键词哪里错了啊？已上传gjf附件

PBE0要写成PBE1PBE，另外#后最好加上P写成#P

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-13 09:01

wzm12天空发表于 2023-6-13 08:56
PBE0要写成PBE1PBE，另外#后最好加上P写成#P

谢谢，我试一试

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-13 09:26

wzm12天空发表于 2023-6-13 08:56
PBE0要写成PBE1PBE，另外#后最好加上P写成#P

谢谢，麻烦您可以再帮我看看这些指令关键词是和6楼sob说的一致的吗？

作者
Author: wzm12天空 时间: 2023-6-13 09:50

杉杉JY 发表于 2023-6-13 09:26
谢谢，麻烦您可以再帮我看看这些指令关键词是和6楼sob说的一致的吗？

建议仔细看一看2,3,4,6楼各位老师建议的帖子。还有中间提到的关键词，在论坛上都能搜到相关解释，一劳永逸的事。况且也花不了多少时间。有条件强烈建议参加sob老师的量化初级培训班四五天的时间完全能够入门的。

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-13 10:56

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

请问sob老师，按照您说的基组选择和加上溶剂模型，计算报错老是说语法有错，是为啥呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-13 11:47

杉杉JY 发表于 2023-6-13 10:56
请问sob老师，按照您说的基组选择和加上溶剂模型，计算报错老是说语法有错，是为啥呢？

好好看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-13 17:45

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

请问老师，在g16里面，PBEPBE等同于PBE0吗？

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-13 17:53

sobereva 发表于 2023-6-13 11:47
好好看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

请问老师，在g16里面不能直接选择PBE1PBE，在GJF文件里面直接加关键词就行了嘛？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-13 19:17

杉杉JY 发表于 2023-6-13 10:45
请问老师，在g16里面，PBEPBE等同于PBE0吗？

不等于，参见https://gaussian.com/dft/

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-13 19:18

杉杉JY 发表于 2023-6-13 10:53
请问老师，在g16里面不能直接选择PBE1PBE，在GJF文件里面直接加关键词就行了嘛？

对。不要依赖gaussview准备输入文件菜单里的选项，正规做计算gaussview只用来准备结构，泛函基组之类都是用文本编辑器打开gjf文件写的，乃至于用脚本自动加进去的

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-6-16 09:29

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

sob老师，您好，我接着这个帖子问一下，我现在实验确定有机配体与金属离子配位比2：1，我想计算这个有机配体（71个原子，C30H26N2O3）和一个+3价的第四周期过渡金属离子之间的相互作用，构建了两个配体与一个金属以及金属的其他配位比如水（体系有149个原子）（之前询问的时候是一个配体）。用G16版本在52核104线程*2的服务器上进行计算。优化用的您建议的PBE0-D3(BJ),SDD给过渡金属，6-311G*给的配体，溶剂是水，隐式溶剂模型是pcm，这些关键词设置有没有哪里不妥，因为我设置后计算莫名中断了。谢谢您的不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-16 11:53

杉杉JY 发表于 2023-6-16 09:29
sob老师，您好，我接着这个帖子问一下，我现在实验确定有机配体与金属离子配位比2：1，我想计算这个有机 ...

没不妥
拿输出文件说事

作者
Author: 杉杉JY 时间: 2023-7-10 15:45

sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ)，6-311G*给配体，SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

老师您好，计算完成后，fchk文件可以看到金属离子与有机物的某个配体之间存在虚线，应该是成键作用，我应该通过什么方式去展现这种结果呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 11:06

杉杉JY 发表于 2023-7-10 15:45
老师您好，计算完成后，fchk文件可以看到金属离子与有机物的某个配体之间存在虚线，应该是成键作用，我应 ...

我不知道你说的展现具体指什么
如果是通过图像展现出有这个键，用IRI或IGMH
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

如果是对这个作用进行分析考察，一方面是算相互作用能，一方面可以做各种波函数分析
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

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