计算化学公社

标题: 计算磷酸基团对铀的吸附能为正的问题 [打印本页]

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-10 17:26
标题: 计算磷酸基团对铀的吸附能为正的问题
本帖最后由奶啵啵于 2023-6-10 18:15 编辑

做了一个磷酸基团对铀的吸附计算pbe0 genecp（对U MWB60) em=gd3bj int=fine opt freq scrf (, 下载次数 Times of downloads: 3) 计算完成以后吸附能为正，这怎么解决（未计算矫正）

1.想得到负值作为佐证吸附发生。
2.做了几个模型，吸附能差值都是正值，觉得自己做的出问题了 (, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-10 17:28
确实想得到负值好说明吸附自发进行。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-10 17:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

计算细节完整描述清楚。相关输入文件作为附件上传

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-10 18:10

sobereva 发表于 2023-6-10 17:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

好的，我先处理一下

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-10 18:16

sobereva 发表于 2023-6-10 17:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

输入文件已上传，下次肯定遵守规则

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-11 09:52
说具体什么物质吸附什么，具体用什么量求差
计算涉及到的所有输入文件都上传，光上传整个体系的gjf没用，谁也不知道你具体怎么算的各个部分

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-14 09:13
标题: 计算磷酸基团对铀的吸附能
（之前开过一个这个主题的，那个帖子没描述好，out文件也不小心搞丢了，开一个新帖认真描述一下）
主要是做磷酸基团对铀的吸附实验。Eb=E{total}-E{metal}-E{sub} (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 9)
在做吸附能计算的时候，一般是看能量基本稳定以后，电子能量进行求差，发现结果总是正值。
想得到吸附能为负值的结果好辅助实验。
附件已上传，对吸附基团使用PBE0和6-31G*,对铀用MWB60.
谢谢大家和各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:38

奶啵啵发表于 2023-6-14 09:13
（之前开过一个这个主题的，那个帖子没描述好，out文件也不小心搞丢了，开一个新帖认真描述一下）
主要是 ...

没描述清楚的在原贴上重新描述，别又发个新帖，扰乱论坛秩序

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:49

奶啵啵发表于 2023-6-14 09:13
（之前开过一个这个主题的，那个帖子没描述好，out文件也不小心搞丢了，开一个新帖认真描述一下）
主要是 ...

依然没完整清楚描述计算
total.gjf里77个原子，其它两个分别3和68个，原子数都对不上

幻灯片贴在这，照着检查和判断，此问题我不再回复了

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-14 11:02

sobereva 发表于 2023-6-14 10:49
依然没完整清楚描述计算
total.gjf里77个原子，其它两个分别3和68个，原子数都对不上

欧克。我挨个解决

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-14 14:26

奶啵啵发表于 2023-6-14 02:13
（之前开过一个这个主题的，那个帖子没描述好，out文件也不小心搞丢了，开一个新帖认真描述一下）
主要是 ...

吸附结构严重不合理。你设计这样一个配体，显然是为了做多齿配位的，为什么算单齿配位？
另外，除非是在强酸性条件下做的吸附实验，否则每个和铀配位的磷酸基团应该脱至少一个质子。
建议好好调研有机磷酸和铀酰离子配位的文献，把哪几个氧和铀配位、哪个氧上有质子、哪个氧上没质子搞清楚，一个原子都不要差。而且只看两类文章：（1）实验上表征了配体上的质子个数的工作（没有表征、随手用chemdraw画的结构，或者虽然表征了但是只表征了配体骨架氢、没有表征活泼氢的位置和个数的，不要信）；（2）高水平的计算研究。然后再做计算

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-6-14 15:46

wzkchem5 发表于 2023-6-14 14:26
吸附结构严重不合理。你设计这样一个配体，显然是为了做多齿配位的，为什么算单齿配位？
另外，除非是在 ...

嗯。。。。感谢您的回复
做这个单齿配位是想和多齿配位进行比较
找了一些文献，大多找的都是像我这样打算实验＋计算的，算的很一般，我回去找一些高水平的
谢谢

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