计算化学公社

标题: 求助关于采用伞形采样计算平均力势问题 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-11 10:41
标题: 求助关于采用伞形采样计算平均力势问题
本帖最后由 yangjunfang 于 2023-6-12 16:24 编辑

使用wham进行计算得到平均力势，结果如下图，想请教一下在大约2nm处我画红线部分为什么会有突变，请问怎么处理？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-6-11 11:07
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-6-11 11:08 编辑

检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-12 09:41
本帖最后由 yangjunfang 于 2023-6-12 16:23 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-12 16:23
本帖最后由 yangjunfang 于 2023-6-12 16:26 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

您好，我通过减小间隔解决未充分采样的问题，并且对能量进行了校正。我还想请问您为什么我的横坐标不是从0开始的，和文献中有区别，请问这样是正确的吗？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-6-12 16:32

yangjunfang 发表于 2023-6-12 16:23
您好，我通过减小间隔解决未充分采样的问题，并且对能量进行了校正。我还想请问您为什么我的横坐标不是从 ...

没有给出模型，就放个抽象的图表，这种问题无法解答

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-12 17:32

Entropy.S.I 发表于 2023-6-12 16:32
没有给出模型，就放个抽象的图表，这种问题无法解答

老师，您好，我这个模型是含有N个分子的一个cluster，我想计算将一个单分子拉近到N-1个分子的Custer的平均力势

我设置的pull code如下：
pull                   = yes
pull-ngroups          = 2
pull-group1-name       = MOL_1
pull-group2-name       = MOL_2
pull-group2-pbcatom    = 426
pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
pull-ncoords          = 1
pull-coord1-type       = umbrella
pull-coord1-geometry    = distance
pull-coord1-groups    = 1 2
pull-coord1-k          = 1000.0
pull-coord1-dim       = Y Y Y
pull-coord1-rate       = 0.0
pull-coord1-init       = WINDOW
pull-coord1-start       = yes

作者
Author: MengXH7 时间: 2024-3-13 21:14
楼主您好，能教教我怎么算PMF吗

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-14 09:33

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

带有误差线的PMF曲线是如何做的呢？多做几次用origin拟合误差吗

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-4-17 19:55

MengXH7 发表于 2024-3-13 21:14
楼主您好，能教教我怎么算PMF吗

Gromacs tutorial已经讲的很详细了

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-4-17 19:56

七尺贱发表于 2024-3-14 09:33
带有误差线的PMF曲线是如何做的呢？多做几次用origin拟合误差吗

我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-17 20:50

yangjunfang 发表于 2024-4-17 19:56
我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

想问一下这个PMF矫正加上2KTlogr是直接在每一个值上加嘛，K是什么呢，T是采样温度嘛，R 是采样距离吗是每一个对应点还是说我设置的拉取距离呢

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-4-17 21:16

yangjunfang 发表于 2024-4-17 19:56
我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

需要加上2kTlog（r）. 请问这个如何实现？

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-4-21 14:52

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-17 20:50
想问一下这个PMF矫正加上2KTlogr是直接在每一个值上加嘛，K是什么呢，T是采样温度嘛，R 是采样距离吗是每 ...

K=8.314*10^-3, 对

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