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标题: 求助：如何计算单分子部分片段的分子体积 [打印本页]

作者
Author: chuanghao 时间: 2023-6-12 09:49
标题: 求助：如何计算单分子部分片段的分子体积
在sob老师博文http://sobereva.com/102和http://sobereva.com/487中看到可以通过Multiwfn计算单分子的范德华体积，也可以计算单分子的表面积及部分片段的表面积，但是似乎不能得到部分片段的范德华体积。请问各位老师，该如何计算单分子部分片段的分子体积呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-12 10:00
Multiwfn做电子密度的盆分析，可以得到各个原子的体积，加和就是片段的体积

载入波函数文件后，输入
17
1
1
2
2
0

vdW Volume那一列就是rho=0.001 a.u.定义的范德华表面里原子占的体积
   Atom    Basin    Charge (e)    Volume (Bohr^3) vdW Volume (Bohr^3)
   1 (O )    2    -1.13412421       871.855          134.047
   2 (H )    3       0.57879609       296.052          21.922
   3 (H )    1       0.57911188       295.517          21.903

另参考
使用Multiwfn和VMD绘制原子盆（AIM盆）
https://www.bilibili.com/video/av85202089

作者
Author: chuanghao 时间: 2023-6-12 11:04

sobereva 发表于 2023-6-12 10:00
Multiwfn做电子密度的盆分析，可以得到各个原子的体积，加和就是片段的体积

载入波函数文件后，输入

好的，我去试试，谢谢sob老师

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