计算化学公社

标题: orca计算单点用Bq原子出问题 [打印本页]

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-12 12:09
标题: orca计算单点用Bq原子出问题
想要计算键能
在结构的基础上添加了Bq
用orca算
输入文件
! DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/JK aug-cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs 4 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
* xyz  -1 1
C    -0.18707100 -0.29653800 0.02030000
C    1.07041900 0.58008100 0.18924900
S    2.67154800 -0.31850400 -0.04427400
O    3.63793200 0.63242100 0.47947400
O    2.49723000 -1.52176900 0.75412600
O    2.74696700 -0.53555800 -1.47889100
F    -0.04704600 -1.11237000 -1.03272000
F    -1.49235400 1.04638800 -1.41940600
F    -0.36384800 -1.03433000 1.12300500
F    1.01060900 1.59384700 -0.69387200
F    -1.54759500 1.51034600 0.68956800
F    1.04611100 1.10215400 1.42597600
F    -2.53286500 -0.25666200 -0.05800000
Bq -1.47400500 0.52826000 -0.20078800
*

输出文件
Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net

Your ORCA version has been built with support for libXC version: 5.1.0
For citations please refer to: https://tddft.org/programs/libxc/

This ORCA versions uses:
CBLAS interface :  Fast vector & matrix operations
LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
Shared memory    :  Shared parallel matrices

[file orca_main/maininp2.cpp, line 257]: Element name/number, dummy atom or point charge expected in COORDS ATOM-NO 14

请教各位老师
为什么ORCA报错，需要怎么修改呢
是不是我的Bq原子设置的有问题
能明白是Bq原子出的问题
不知道如何解决
要是想计算键能我用Bq更好还是X更好呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-12 15:42
不要自己发明写法
只有在高斯里，ghost atom才叫Bq。orca里的写法自己在手册里搜ghost查

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-12 19:44
好的谢谢

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-12 20:26

wzkchem5 发表于 2023-6-12 15:42
不要自己发明写法
只有在高斯里，ghost atom才叫Bq。orca里的写法自己在手册里搜ghost查

我找一下orca的手册没有找到，请问我应该到哪里去下载呢，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-12 20:43

桃子量子发表于 2023-6-12 13:26
我找一下orca的手册没有找到，请问我应该到哪里去下载呢，谢谢

在orca论坛的下载区下载，论坛链接见我签名档

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-12 22:10

wzkchem5 发表于 2023-6-12 20:43
在orca论坛的下载区下载，论坛链接见我签名档

好的谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-13 12:27
算键能和用Bq没有直接关系

如果你是想做counterpoise，对于计算化学键键能可能有害
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://sobereva.com/381（http://bbs.keinsci.com/thread-6047-1-1.html）

ORCA做counterpoise有省事的办法
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-13 15:42

sobereva 发表于 2023-6-13 12:27
算键能和用Bq没有直接关系

如果你是想做counterpoise，对于计算化学键键能可能有害

老师我翻看了orca的手册，查找了空原子和虚原子的区别，选择了dummy atom 空原子来算键能，这样的话可以吗，

作者
Author: 桃子量子 时间: 2023-6-13 16:23

sobereva 发表于 2023-6-13 12:27
算键能和用Bq没有直接关系

如果你是想做counterpoise，对于计算化学键键能可能有害

老师如果计算AB的键能，我分别计算A B两个片段的能量和AB的能量，就可以算出AB的键能

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-13 17:07

桃子量子发表于 2023-6-13 09:23
老师如果计算AB的键能，我分别计算A B两个片段的能量和AB的能量，就可以算出AB的键能

对
一定要校正BSSE的话，建议用gCP方法，不受counterpoise方法不适合算共价键键能的限制。或者（仅限于DLPNO-CCSD(T)等波函数方法）用F12校正，既校正了HF的基组误差又校正了相关能的基组误差

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)