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标题: 如何使RDG等值面蓝色部分看得更明显 [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-26 21:14
标题: 如何使RDG等值面蓝色部分看得更明显
这是我把representation Isosurface分别设成0.49以及0.55后截的vmd中的3D图的一部分
我想把蓝色看得更明显，同时又不要红色。把representation Isosurface的值设小点后红色几乎看不到，但是蓝色看得不明显了，设大后，红色看得比较明显。
请问我该怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-26 21:47
你这种情况即便精准显示出那一圈蓝也毫无意义
仔细看此文2.12节理解为什么在很强的弱相互作用区域会出现环形等值面以及怎么合理考虑
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-7-27 09:14
老师，那同样情况下，有这个圈是不是说明比没有这个圈的弱相互作用强？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-27 10:07

15whyhq 发表于 2016-7-27 09:14
老师，那同样情况下，有这个圈是不是说明比没有这个圈的弱相互作用强？

把电子密度的截断值设的小一点就能看到了。不过这样失去了RDG的意义。
这已经说明相互作用不弱，或许可以做其他的等值面图，比如ELF。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-1 09:32

sobereva 发表于 2016-7-26 21:47
你这种情况即便精准显示出那一圈蓝也毫无意义
仔细看此文2.12节理解为什么在很强的弱相互作用区域会出现环 ...

老师，我想问为什么在在默认值条件下，不同的氢键会出现不同大小的圈，圈的大小说明的问题是什么？
是这个蓝色圈越大说明这个氢键作用越强，还是蓝色的圈越大代表其他什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-1 23:52

15whyhq 发表于 2016-8-1 09:32
老师，我想问为什么在在默认值条件下，不同的氢键会出现不同大小的圈，圈的大小说明的问题是什么？
是这 ...

跟圈的大小毫无关系。

强度看的是氢键区域的sign(lambda2)rho值，值越负即电子密度越大，图中颜色越蓝。当rho超过阈值（settings.ini里的RDG_maxrho）时就会被屏蔽掉，导致不显示出来，而只在周围密度较小的留下一个环形。
对很强的氢键，适合用AIM根据bcp的特征来定量讨论。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-8-2 08:47

sobereva 发表于 2016-8-1 23:52
跟圈的大小毫无关系。

强度看的是氢键区域的sign(lambda2)rho值，值越负即电子密度越大，图中颜色越 ...

明白了，谢谢老师，那您说的“对很强的氢键，适合用AIM根据bcp的特征来定量讨论。”AIM有关知识的链接可以发给我吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-2 16:01

15whyhq 发表于 2016-8-2 08:47
明白了，谢谢老师，那您说的“对很强的氢键，适合用AIM根据bcp的特征来定量讨论。”AIM有关知识的链接可 ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362

Multiwfn手册4.2.1节也有AIM分析氢键的例子

作者
Author: 3107654521 时间: 2017-2-19 20:06
老师，请问我的图中阴离子中的蓝圈是不是和楼主的问题类似？是不是可以直接ps掉呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-20 01:23

3107654521 发表于 2017-2-19 20:06
老师，请问我的图中阴离子中的蓝圈是不是和楼主的问题类似？是不是可以直接ps掉呀？

如果你不打算讨论阴离子内部的电子结构，这部分你ps掉也行，放着不管但也不做任何解释也可以

作者
Author: 3107654521 时间: 2017-2-20 10:34
好的谢谢老师

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