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标题: packmol如何把石墨烯分层模型两侧放置气体分子 [打印本页]

作者
Author: whq 时间: 2023-6-13 13:46
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-13 13:52
恰当设置加入的空间范围就完了，该说的都说了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: Acee 时间: 2023-6-13 16:36
gmx editconf 轻松完成

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Author: whq 时间: 2023-6-14 12:05
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作者
Author: whq 时间: 2023-6-14 12:08
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作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-14 13:35
本帖最后由牧生于 2023-6-14 13:45 编辑

有个比较蠢，但又很直观的办法。

packmol直接建立气体团簇，不用考虑位置，坐标之类。然后打开vmd，载入气体团簇，载入石墨烯，然后移动某个rep。移动到合适位置后，分别另存石墨烯和气体团簇为pdb格式。然后把其中一个pdb的内容复制到另一个pdb里面就可以了。

作者
Author: whq 时间: 2023-6-14 14:09
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Author: 牧生 时间: 2023-6-14 14:44

whq 发表于 2023-6-14 14:09
在Material studio 可以移动吗？

我已经多年不用MS了，忘了。。gview界面也非常非常友好，也能实现鼠标拖动去移动原子或者多个分子，比MS好用多了。但如果总原子数太多，gview会比较卡

作者
Author: whq 时间: 2023-6-14 16:49
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作者
Author: whq 时间: 2023-6-14 20:36
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Author: thor 时间: 2023-6-15 16:13

Acee 发表于 2023-6-13 16:36
gmx editconf 轻松完成

这工具可以直接指定插入位置？

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Author: whq 时间: 2023-6-19 15:00
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