计算化学公社

标题: 为什么VASP在进行NEB粗收敛的时候计算会暂停，vasprun.xml不更新但任务时长仍在增加 [打印本页]

作者
Author: WHY2001 时间: 2023-6-13 14:16
标题: 为什么VASP在进行NEB粗收敛的时候计算会暂停，vasprun.xml不更新但任务时长仍在增加
neb粗收敛在运行一段时间后，计算终止，vasprun.xml时间不更新。但查询任务队列中，该任务时长仍在增加。
计算Ni111表面的CH4脱氢第一步，dist.pl返回值5.0左右，插入了七个点，计算使用56核。

INCAR内容如图 (, 下载次数 Times of downloads: 1) ，log文件非常大打不开 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，也没有相关运行日志，任务时长仍在增加 (, 下载次数 Times of downloads: 1) OUTCAR显示只运行了两步计算。请问这种情况是哪里出了问题，该如何解决呢

作者
Author: abin 时间: 2023-6-13 14:23
VASP version?
Compiler version?
MPI version?

If you believed that all are OK,
then post the issue to the vasp official site.

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-6-13 16:06
别的不说，你这个19.54G铁有大问题，大概率是mpi没搞好，log文件里面全都是mpi报错，无限报错。

作者
Author: WHY2001 时间: 2023-6-13 16:51

wypkdhd 发表于 2023-6-13 16:06
别的不说，你这个19.54G铁有大问题，大概率是mpi没搞好，log文件里面全都是mpi报错，无限报错。

(, 下载次数 Times of downloads: 0) 大佬我打开log只能看到前面这些，这是我的脚本 (, 下载次数 Times of downloads: 2) ，您觉得可能是哪个文件有问题需要修改呢，我刚开始做NEB计算，还非常不熟练

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-6-13 21:53
运行没问题，pbs也没问题，log文件也很正常，所以我才好奇你的19.54G文件到底是啥。话说你00和08文件夹里面有OUTCAR文件吗？你在neb文件夹下输入nebef.pl看看返回值。顺便输入which mpiexec 和 which ifort 让我看看返回值。

作者
Author: WHY2001 时间: 2023-6-14 09:11
本帖最后由 WHY2001 于 2023-6-14 09:38 编辑

wypkdhd 发表于 2023-6-13 21:53
运行没问题，pbs也没问题，log文件也很正常，所以我才好奇你的19.54G文件到底是啥。话说你00和08文件夹里 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 1) 这样是不是初态末态结构没找对，00和08文件夹里除POCAR没有任何文件 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，这两个分别是07和01文件内的OUTCAR。log文件实在是太大了，打不开，编译也只能看到上面的几十行。麻烦大佬了orz

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-6-14 10:26
本帖最后由 wypkdhd 于 2023-6-14 10:28 编辑

WHY2001 发表于 2023-6-14 09:11
这样是不是初态末态结构没找对，00和08文件夹里除POCAR没有任何文件，这两个分别是07和01文件内的OUTCAR ...

你这样做是完全错误的neb算法，建议你和导师商量，或者自费去搞个vasp班，我不是商家，我就不推荐了，当然，我个人听过庚子计算那边的课，能解决你这个问题。现在很简单，你的incar里面image数量有几个，相当于你在初态末态中间差了几个点，比如incar里面 image=4 那你建文件夹的时候就是，00里面放初态的outcar和contcar（contcar要改名为POSCAR）；05里面放末态的outcar和contcar（同样改名为POSCAR），然后再使用nebmake.pl插点，插点数量为4。

额外说一句，你进行neb的incar中结构优化参数，必须和你初态末态结构优化参数一致，除了力收敛精度eddiff。

强烈建议你好好学习vasp，报个班，你这样不行。

作者
Author: WHY2001 时间: 2023-6-14 10:36
好的，非常感谢大佬的建议

作者
Author: we000000 时间: 2023-6-20 15:54

WHY2001 发表于 2023-6-14 09:11
这样是不是初态末态结构没找对，00和08文件夹里除POCAR没有任何文件，这两个分别是07和01文件内的OUTCAR ...

遇到过在运行但是不更新结果，但是没遇到过log文件能十几个G的。。。。

NELM=300属实没必要，但是nebef.pl能出来的结果：(1)SCF收敛了，image的结构过于离谱，数值爆炸；（2）SCF 300步都没收敛，image的结构过于离谱。建议检查下image的结构是不是在合理范围。
另外就是感觉你似乎并不会用VTST做CINEB....现在你这个做法00和08只放POSCAR的话，最后的曲线没有初末态的能量值。

需要花精力好好先了解一下VASP需要用到的东西，当然最省时间就是报个班

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