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标题: 不同分子数的组分间相互作用能的比较问题 [打印本页]

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Author: tym1999 时间: 2023-6-13 18:47
标题: 不同分子数的组分间相互作用能的比较问题
本帖最后由 tym1999 于 2023-6-13 18:47 编辑

使用gromacs进行了170个A分子，10个B分子和20个C分子的20ns模拟，模拟完成后想要比较A-B和A-C分子间的相互作用大小，因此采用分组，并进行rerun再次模拟，完成后使用gmx energy 命令进行能量分析，发现A-C分子间Coul-SR和LJ-SR之和约为1696KJ/mol，A-B分子之间Coul-SR和LJ-SR之和约为577KJ/mol。直接比较A-C分子间作用能是远远大于A-B分子间作用能的，但是C分子的个数也大于B分子的个数。所以想问问这种不同分子数的组分间的相互作用能的大小要怎么在同一维度上进行计算比较呢？直接用能量除以两种分子个数之积吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:00
如果你要比较每一对儿分子的平均作用能，需要把组间的作用能除以分子对儿数

作者
Author: tym1999 时间: 2023-6-14 10:46

sobereva 发表于 2023-6-14 10:00
如果你要比较每一对儿分子的平均作用能，需要把组间的作用能除以分子对儿数

那老师我想问问怎么计算分子对儿数呢？是两种分子个数的乘积吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:59

tym1999 发表于 2023-6-14 10:46
那老师我想问问怎么计算分子对儿数呢？是两种分子个数的乘积吗？

是

作者
Author: 奥利给 时间: 2023-10-4 20:43

tym1999 发表于 2023-6-14 10:46
那老师我想问问怎么计算分子对儿数呢？是两种分子个数的乘积吗？

请问“两种分子个数的乘积”是啥意思？可以用你的这个例子简单解释一下吗？

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