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标题: 如何通过gromacs算水离子液体盐体系里面的水团簇 [打印本页]

作者
Author: fightingllll 时间: 2023-6-13 20:50
标题: 如何通过gromacs算水离子液体盐体系里面的水团簇
本帖最后由 fightingllll 于 2023-6-13 20:52 编辑

已经通过尝试 gmx clustsize -f nvt.xtc -s nvt.tpr -cut 0.35 -mol
gmx cluster -f nvt.xtc -s nvt.tpr -cutoff 0.25 -b 500 -method gromos -sz
两种方式计算但均未得到较好的结果第二个命令里面的得到的 cluste-size xvg 均为一不合理
想要得到如图所示的水团簇的尺寸大小以及不同尺寸大小的占比
因此想向各位理论计算大佬们请教一二

作者
Author: SherryLiu 时间: 2023-6-14 00:49
好像可以试试用Travis做Cluster analysis，原文 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01244。Travis链接：http://www.travis-analyzer.de/。

作者
Author: fightingllll 时间: 2023-6-14 10:04
可以做出来类似的图吗简单吗还没有用过Travis这个软件通过gromacs可以做吗

作者
Author: Jotaro 时间: 2023-6-27 21:04
本帖最后由 Jotaro 于 2023-6-27 21:06 编辑

fightingllll 发表于 2023-6-14 10:04
可以做出来类似的图吗简单吗还没有用过Travis这个软件通过gromacs可以做吗

gmx cluster命令加一个 -sz size.xvg，得到的y列是数量，如果要百分比的话可以用origin对y列数据做频数统计，区间大小为0~最大值，区间间隔设置为1

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-28 03:18

Jotaro 发表于 2023-6-27 21:04
gmx cluster命令加一个 -sz size.xvg，得到的y列是数量，如果要百分比的话可以用origin对y列数据做频数统 ...

gmx cluster是对不同的帧之间的差异进行对比来做簇分析的，他的这个情况是对每一帧的结构做团簇尺寸的分析，与之相关的是gmx clustsize，不是一回事

作者
Author: fightingllll 时间: 2023-6-29 09:56
老师您好后续通过gmx clustsize -f nvt.xtc -s nvt.tpr -cut 0.26 -ac cluster-ac26 -nc cluster-nc26 -hc cluster-hc26 -n rdf1.ndx -b 9000 -e 10000
生成 -hc cluster-hc26 文件如下图所示，文中的x为簇的大小，纵坐标不是个数 (, 下载次数 Times of downloads: 3) ？

作者
Author: fightingllll 时间: 2023-6-29 09:57

sobereva 发表于 2023-6-28 03:18
gmx cluster是对不同的帧之间的差异进行对比来做簇分析的，他的这个情况是对每一帧的结构做团簇尺寸的分 ...

老师您好后续通过gmx clustsize -f nvt.xtc -s nvt.tpr -cut 0.26 -ac cluster-ac26 -nc cluster-nc26 -hc cluster-hc26 -n rdf1.ndx -b 9000 -e 10000
生成 -hc cluster-hc26 文件如下图所示，文中的x为簇的大小，纵坐标不是个数吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 23:37

fightingllll 发表于 2023-6-29 09:57
老师您好后续通过gmx clustsize -f nvt.xtc -s nvt.tpr -cut 0.26 -ac cluster-ac26 -nc cluster-nc26 ...

y是每一帧中不同尺寸簇的平均数目

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