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标题: 求助构建单硫酸卡那霉素三维结构时遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: HYUAN 时间: 2023-6-13 21:58
标题: 求助构建单硫酸卡那霉素三维结构时遇到的问题
老师您好，我想以单硫酸卡那霉素作为适配体的靶标分子去构建它的三维结构，了解到从PDB文库中可以下载得到卡那霉素的三维结构.pdb文件，但是单硫酸卡那霉素与从PDB文库中得到的卡那霉素三维结构还差一个硫酸分子，我想请教老师，想要得到单硫酸卡那霉素的一个整体的三维结构的话，那么是可以直接将卡那霉素与硫酸分子摆放在一起就可以呢，还是需要经过其他办法才能得到一个合理的单硫酸卡那霉素的三维结构文件呢，如图为单硫酸卡那霉素
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:13
此问题没体现和GROMACS有任何直接联系，发帖时不要选GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

取决于你要获得什么环境下的结构，以及获得这个结构的实际目的是什么

没有叫“PDB文库”的东西

作者
Author: HYUAN 时间: 2023-6-14 10:54

sobereva 发表于 2023-6-14 10:13
此问题没体现和GROMACS有任何直接联系，发帖时不要选GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

取决于你要获 ...

好的，谢谢老师的更正，我的实验环境是这个：20 mM Tris–HCl,50 mM NaCl,5 mM KCl, and 5 mM MgCl2, pH 8.0
主要是想研究适配体与单硫酸卡那霉素的结合，及其相互作用力。想要在GROMACS中跑一下动力学。所以需要获得单硫酸卡那霉素的三维结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 10:59

HYUAN 发表于 2023-6-14 10:54
好的，谢谢老师的更正，我的实验环境是这个：20 mM Tris–HCl,50 mM NaCl,5 mM KCl, and ...

没必要对初始结构那么上心，动力学跑起来都一样。初始结构别有显著不合理接触这种离谱的地方就行了

作者
Author: HYUAN 时间: 2023-6-14 13:36

sobereva 发表于 2023-6-14 10:59
没必要对初始结构那么上心，动力学跑起来都一样。初始结构别有显著不合理接触这种离谱的地方就行了

好的好的，谢谢Sob老师

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