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标题: 求助：请问如何计算分子轨迹中，某一祯的单点能和作用在份子上的力？ [打印本页]

作者
Author: Kel_K 时间: 2023-6-13 22:18
标题: 求助：请问如何计算分子轨迹中，某一祯的单点能和作用在份子上的力？
我已经做好了最少化，升温和跑完动力学，已得到一连串的轨迹，但除了单点能外，我还想如同用高斯关键词“Force”一样，得到每分子上所受到的三维力，请问可以如何做到? 请教各位。

另外，我得到pdb格式的轨迹，但想得extxyz格式，曾经使用ase转换，但却显示(NameError: name 'extxyz' is not defined)，请问各位有什么解决方法？
import numpy as np
from ase.io import read, write
atoms = read('input.pdb')
write('output.extxyz', atoms, format='xyz')

作者
Author: Serious 时间: 2023-6-14 16:02
1）通常模拟轨迹不特别注明，不包含力等信息。不清楚AMBER的后处理能不能输出力，原理上是可以的（毕竟有能量函数、坐标等），不行的话也许得改源码之类的？我不太清楚。
2）关于ase，我不熟悉。按照报错信息，也许把"output.extxyz"改成"output.xyz"就行。应该是format指定与后缀冲突。

3）以上拙见。看看论坛的朋友有没有别的办法。

作者
Author: Kel_K 时间: 2023-6-14 16:43
1. 我在amber20的手册第6章 6.3.3. Single point calculation of forces 中看到, amber 中有着计算力的关键词, 但是就不知道这个方式可否计算模拟轨迹上的力.

2. 这个方法我都用了, 但是output.xyz只显示一个0.

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