计算化学公社

标题: 残基的mmgbsa溶剂化能的问题 [打印本页]

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作者
Author: xy12345    时间: 2023-6-14 10:13
标题: 残基的mmgbsa溶剂化能的问题
各位老师好，

• 我使用mmgbsa来分析每个结合残基在配体与蛋白质结合中的重要性。我对其中一些结果的理解有些问题。我发现所有参与与配体形成氢键/离子键的残基的极性溶剂化项(络合物-配体-蛋白质)比静电项更正，说明在形成络合物时，溶剂化能的增加变化补偿了静电变化的减少。这是否意味着形成氢键/离子键实际上不利于配体与蛋白质的结合?
• 这看起来违背常理， 因为从晶体和MD的结果来看，这些氢键是非常稳定的。在FEP测试中，如果把小分子参与形成氢键的极性基团去除或者换成疏水基团，FEP的值就会变得很大，说明在该处位置只靠范德华力对结合是不利的。此外，我注意到LYS和ARG的静电能项无论是否与配体相互作用都是正的，而极性溶剂化项总是负的。GLU和ASP则相反。我也不是很理解这个结果。我使用了与教程相同的gb设置(igb=5 saltcon=0.1)
  

	total		van der waal		electrostatic		polar solvation		nonpolar solvation
GLU 231	-0.602	0.050	-1.295	0.031	-46.182	0.076	47.09	0.07	-0.21	0.001
TYR 223	-0.366	0.020	-0.421	0.023	-3.557	0.030	3.73	0.02	-0.12	0.001
PHE 226	-2.8406	0.0320	-2.8299	0.0270	-5.4634	0.0422	5.7657	0.0293	-0.3130	0.0017

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作者
Author: sobereva    时间: 2023-6-14 11:11
可以测试其它GB模型，溶解自由能的极性部分受有效Born半径计算方式的影响很大

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