计算化学公社

标题: 求助算有机分子的酸电离能力的隐式溶剂化模型参数设置 [打印本页]

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Author: csu-77 时间: 2023-6-14 17:27
标题: 求助算有机分子的酸电离能力的隐式溶剂化模型参数设置
最近在算有机分子的酸电离能力，需要计算该分子和去掉一个H后阴离子的吉布斯自由能，采用的泛函和基组是M05-2X/TZVP，在对溶剂—煤油进行参数设置时，只找到了静/动态介电常数，计算文件如下图所示（阴离子结构，删除了一部分原子）。所以，想问下各位老师：1）采用的泛函和基组是否合理（初级资料上写了M05-2X是计算溶解自由能精度最高的泛函）？2）电荷和自旋多重度设置的正确嘛？3）看了一些sob老师发布的有关溶剂化参数的博文，想问下老师，只设置eps和epsinf得出的结果可信嘛，或者作为论文数据发表时，会被别人质疑嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-14 19:38
课上以及下文都非常明确说了，M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的，其它任何情况都没有丝毫理由用M05-2X。绝对不把M05-2X的适用场合泛化
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

算阴离子体系的电子能量显然得带弥散函数

写formcheck毫无意义，北京科音初级量子化学培训班里从来没让学员用这个关键词。写tight完全莫名其妙，培训里和上文也都说了，opt freq过程不推荐用SMD，而且结合本来对积分格点就敏感的M05-2X更是容易造成小虚频。

别在输入文件里乱空行，坐标后面只能空一行，空那么多只会导致自定义溶剂信息根本不读入。

好好一个字一个字复习初级量子化学培训班讲义，犯的错误太多了

另外，有机酸能在煤油中解离质子？

作者
Author: csu-77 时间: 2023-6-14 20:04

sobereva 发表于 2023-6-14 19:38
课上以及下文都非常明确说了，M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的，其它任 ...

感谢sob老师的回复
泛函和基组用B3LYP/6-31+G*可以吧？
OPT FREQ过程用IEFPCM更佳嘛？
formcheck一直带着怕到时会绘制表面静电势

因为删掉了一些原子坐标，所以空的行有些多了，正常计算时没有的老师

作者
Author: csu-77 时间: 2023-6-14 20:09
本帖最后由 csu-77 于 2023-6-14 20:27 编辑

sobereva 发表于 2023-6-14 19:38
课上以及下文都非常明确说了，M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的，其它任 ...

有机酸能在煤油中解离质子？至于这个问题，我是按照一篇文献算的sob老师——J. Phys. Chem. A 2017, 121, 2531−2543，一般在实验里用煤油作为稀释剂去制备新鲜的有机相

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-16 11:12

csu-77 发表于 2023-6-14 20:04
感谢sob老师的回复
泛函和基组用B3LYP/6-31+G*可以吧？
OPT FREQ过程用IEFPCM更佳嘛？

B3LYP/6-311G*
显然用默认的IEFPCM
又不是不能用formchk转
描写提问内容时不要产生任何可能的歧义。输入文件能上传的直接上传，别截图，特别是私自改完了还不说，等于是耍人

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