计算化学公社

标题: 求助NBO分析中如何根据输出文件计算轨道电子数 [打印本页]

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Author: SchrodingersCat 时间: 2023-6-17 18:39
标题: 求助NBO分析中如何根据输出文件计算轨道电子数
本人尝试重复文献Self-Accelerating CO Sorption in a Soft Nanoporous Crystal一文（Science, 2014, 343.6167: 167-170）中NBO分析的计算，结束后无法得出红色框中所说的0.253e。

我们的计算方法是：①簇模型基于文献给的结构自行根据键长键角搭建；② 计算级别是M06L/6-311G(2d)，未用文献中写的混合基组；③ CO的NBO在相同级别下先几何优化再算NBO

结果是：吸附态的CO的C的LP值是1.93230，气态的CO的C的LP值是1.99927，二者的差值仅为0.06697，与文献中说的0.253e相差很大；而通过加和MOF中C-O含p最高的两个BD*，结果是0.04507，跟文献说的0.036e差不多。由于Cu-C键键长较大，因此MOF的输出文件中没有类似于BD (Cu - C）这样的数据，想请教一下0.253e是怎么算出来的呢？感谢指教！

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-18 11:00
你若要精确重复文中数据，就用与文章严格相同的级别，哪怕文章用的级别并不理想，要么就别试图精确重复文中数据

LP轨道占据数根本不是用来判断电子转移量的。NBO框架里主要就有两种方式能够判断电子转移量，一个是看两种状态下某个原子或片段的NPA电荷的变化，但这只能体现原子/片段与周围环境之间的净转移量，而不能具体体现“谁向谁”转移。另一个做法是做NBO E2分析，根据微扰公式计算电荷转移量，参看下面的量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班讲NBO部分的ppt，但这种方式估计的转移量极其粗糙。

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研究配体-金属之间电子转移量这种问题，用CDA好得多
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
特别是结合ETS-NOCV，更是能将相互作用非常直观地可视化并得到相互作用能
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

作者
Author: SchrodingersCat 时间: 2023-6-18 14:58

sobereva 发表于 2023-6-18 11:00
你若要精确重复文中数据，就用与文章严格相同的级别，哪怕文章用的级别并不理想，要么就别试图精确重复文中 ...

谢谢老师回复！我们仔细研究一下您介绍的方法

作者
Author: SchrodingersCat 时间: 2023-6-24 17:13

sobereva 发表于 2023-6-18 11:00
你若要精确重复文中数据，就用与文章严格相同的级别，哪怕文章用的级别并不理想，要么就别试图精确重复文中 ...

老师，还想请教一下，我们自己的体系当中，现在CO-MOF中，CO的BD*相比气态CO增加了~0.2 e，但是用NPA电荷计算Cu的d轨道减少了~0.1 e，但是CO的BD*增加了~0.2 e，我们想理解多增加的这0.1 e来自哪里，请问这种比较有意义吗？如果有意义，有什么好的手段追踪增加的BD*的来源吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-25 02:10

SchrodingersCat 发表于 2023-6-24 17:13
老师，还想请教一下，我们自己的体系当中，现在CO-MOF中，CO的BD*相比气态CO增加了~0.2 e，但是用NPA电荷 ...

拿NBO轨道占据数来讨论电子量变化根本没意义，你懂NBO轨道搜索原理自然能明白，这种判断是非常不公正的

作者
Author: SchrodingersCat 时间: 2023-6-29 19:29

sobereva 发表于 2023-6-25 02:10
拿NBO轨道占据数来讨论电子量变化根本没意义，你懂NBO轨道搜索原理自然能明白，这种判断是非常不公正的

谢谢老师指点

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