计算化学公社

标题: 求助：如何判断结构优化结果的正确性 [打印本页]

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-18 11:24
标题: 求助：如何判断结构优化结果的正确性
本帖最后由 Mr.zhen 于 2023-6-18 19:08 编辑

近期在对一个有机分子进行结构优化时，发现在同一基组与泛函下，因gjf结构不同，会导致结构优化的最终结构也不一样，且振动也都没有虚频，能量也比较接近，如下图。请问这优化出的两个结构在研究中是不是都能用，会影响到比如过渡态搜索的其他后续计算吗？有没有可能出现优化后的结构能量差距较大的情况呢？
优化分子为乐果(Dimethoate)，泛函与基组为M062X/6-31G*

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-18 12:31
分清楚gjf和gif

老生常谈的问题，做量化计算的人一定要有构象搜索的概念，看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

研究中只考虑一个构象的时候，通常用自由能最低那个构象。但也可能需要涉及其它的，诸如发生某种反应的构象可能未必是自由能最低的那个。

还有很多问题的研究需要考虑构象权重平均，下文都涉及到了
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-6-19 01:48
这就是俩局部极小值啊，没什么不能用的。
过渡态搜索之类后续构象相关计算的结果有效性是个化学问题，取决于你想研究的是什么反应，这个充其量是个初猜。

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