计算化学公社

标题: 通过高斯去优化LiFSI，通过msi2lmp.exe转lammps.data总出错求助 [打印本页]

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-18 16:45
标题: 通过高斯去优化LiFSI，通过msi2lmp.exe转lammps.data总出错求助
本帖最后由 qyw 于 2023-6-18 19:59 编辑

通过高斯去优化LiFSI程序正常结束，附件和图是计算文件和计算完的
通过gassview将LI0.log转为LI0.mol文件，在MS打开保存为LI0.car文件
通过msi2lmp.exe转lammps.data文件时出现几个问题，如图
发现是PBC=OFF，导致原子类型冲突导致
目前，打算在MS新建晶胞后，将坐标信息输入，导出cif再转为lammps data文件
不知道有没有更好的办法，希望不吝赐教

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-18 17:00
提问格式不符合论坛要求，按http://sobereva.com/620仔细修改帖子后我们再回答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-18 17:47
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “LIFSI高斯优化” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-18 17:48
我在http://bbs.keinsci.com/thread-38007-1-1.html的回帖里就已经说了，你先搞清楚你要优化的是什么东西，单分子还是周期性体系，不是后者gjf里就别写Tv，自找麻烦、自取其辱

另外，当前Gaussian计算正常结束，报错根本和Gaussian没直接关系。好好把问题完整细致描述清楚，一个字一个字认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
上来就突然冒出一句 “转.data总是出错” 谁知道你具体怎么做的、.data文件具体指什么

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-18 19:38

sobereva 发表于 2023-6-18 17:48
我在http://bbs.keinsci.com/thread-38007-1-1.html的回帖里就已经说了，你先搞清楚你要优化的是什么东西， ...

抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成报错，发现了是PBC=OFF，导致原子序列有问题。我想着在MS转cif，打算建立晶格后把.mol文件的坐标输进去

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-18 19:49

wzkchem5 发表于 2023-6-18 17:00
提问格式不符合论坛要求，按http://sobereva.com/620仔细修改帖子后我们再回答

好的

作者
Author: adong 时间: 2023-6-18 20:01

qyw 发表于 2023-6-18 19:38
抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成 ...

LiFSI是锂盐，在溶液中一般是解离状态，应该是优化FSI-，再转化生成对应的力场和结构文件

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-18 20:05
本帖最后由 qyw 于 2023-6-18 20:07 编辑

adong 发表于 2023-6-18 20:01
LiFSI是锂盐，在溶液中一般是解离状态，应该是优化FSI-，再转化生成对应的力场和结构文件

那请问这个LIFSI的话在lammps作为输入的话是可以用molecule 1 LIFSI.txt吗，还是分别放LI+和FSI-呢？我要算的体系是MOF中的LI+迁移路径问题

作者
Author: adong 时间: 2023-6-18 20:46

qyw 发表于 2023-6-18 20:05
那请问这个LIFSI的话在lammps作为输入的话是可以用molecule 1 LIFSI.txt吗，还是分别放LI+和FSI-呢？我要 ...

模型结构中可以一起放，也可以分开放；但是力场是分开的，FSI-和Li+的力场参数文献中有。
不是很清楚你的整体体系的具体情况，构建初始模拟结构可以用packmol，分子模板不懂怎么放。

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-18 22:39

adong 发表于 2023-6-18 20:46
模型结构中可以一起放，也可以分开放；但是力场是分开的，FSI-和Li+的力场参数文献中有。
不是很清楚你 ...

那如果结构一起放的话，直接在FSI.pdb里直接加LI+吗

作者
Author: adong 时间: 2023-6-19 01:27

qyw 发表于 2023-6-18 22:39
那如果结构一起放的话，直接在FSI.pdb里直接加LI+吗

如果是用lammps做模拟，建议用moltemplate工具辅助，分开添加，准备好各个组分的lt （力场参数）和 xyz （组分坐标），用packmol生成体系坐标：system.xyz，用moltemplate的脚本根据system.xyz 和组分lt文件生成最终的data文件

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-19 09:56
本帖最后由 qyw 于 2023-6-19 10:20 编辑

adong 发表于 2023-6-19 01:27
如果是用lammps做模拟，建议用moltemplate工具辅助，分开添加，准备好各个组分的lt （力场参数）和 xyz ...

我想问问packmol,lammps盒子一般大于2*cutoff,那超过一个大分子了，怎么将大分子设置为放小分子的盒子呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-19 11:15
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-19 11:43 编辑

qyw 发表于 2023-6-19 09:56
我想问问packmol,lammps盒子一般大于2*cutoff,那超过一个大分子了，怎么将大分子设置为放小分子的盒子呢

packmol建模和lammps的cutoff无关，自己仔细阅读软件文档。
跑MD不可能用一个很小的盒子，如果出现盒子尺寸小于cutoff，那说明你建立的盒子太小，需要增大盒子尺寸与分子数目。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-19 11:42
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-19 11:43 编辑

qyw 发表于 2023-6-18 19:38
抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成 ...

不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意味着你需要先在MS中整个盒子搭起来，然后选择合适的力场，识别原子类型，保存为car文件。

依赖msi2lmp也不是一个好习惯，因为MS只支持COMPASS、CVFF、PCFF和UFF等力场，其中COMPASS力场还是商业化的，除非你买了MS，否则你发文章是不能用的。另外MS的原子电荷模型非常粗糙，只有垃圾的gasteiger、qeq电荷和基于原子类型的BCI电荷。

LiFSI在体系中肯定是电离的，有专门为离子液体拟合的力场，比如OPLS-IL、CL&P等，另外你优化的LiFSI的结构都是错的，Li不是和N结合，而是和两个O结合。所以你的结构模型是错的，用OPLS-AA力场也是错的，拿Gaussian优化的单分子结构去调用msi2lmp生成data更是错上加错。

PS:这个帖子的分类也是错的，得放在分子模拟那儿。

正确的做法如下：
1. 先准备Li、FSI和其他溶剂分子的单独的结构文件。
2. 选择合适的力场，FSI可以用OPLS-IL2009或者CL&P力场，Li可以选择Merz力场或者OPLS-ION-2006力场，溶剂分子选择OPLS-AA/M力场，搭配RESP电荷或者1.14*CM1A电荷。
3. 对每个组分识别原子类型并创建拓扑文件或者moltemplate的模板文件，这个可以用AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... e-tool/auto-ff-home）来完成。
4. 用packmo或者moltemplate程序l按照模拟体系的组分摩尔比创建混合的盒子。
5. in文件中重复写read data载入各个组分的拓扑，或者应moltemplate生成完整的data文件，推荐后者。

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-19 12:58

slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

太感谢您了，看到您的回复，深感受教

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-20 21:42

slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

您好，我还想问一下，lammps同一体系不同分子不同力场怎么实现的呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-20 22:31

qyw 发表于 2023-6-20 21:42
您好，我还想问一下，lammps同一体系不同分子不同力场怎么实现的呢

相同的pair形式和混合规则才可以一起用，例如GAFF和Amber系列的力场可以混用，OPLS系列的可以混用。1-4相互作用的系数如果不一样，在Lammps里面没有办法混用，在Gromacs里面可以手动展开参数。
还有一种情况就是每一组的pair都有具体的参数，不需要具体混合规则来计算。那也可以直接杂化使用。
如果两套力场的pair函数形式都不一样，那要么只能丢失一些精度近似拟合成相同的函数形式，要么全部用数值的table形式。

对于成键参数，包括bond，angle，dihedral和improper，在保证参数可靠的情况下，可以比较放心地杂化使用。

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-21 20:01

slxc920113 发表于 2023-6-20 22:31
相同的pair形式和混合规则才可以一起用，例如GAFF和Amber系列的力场可以混用，OPLS系列的可以混用。1-4相 ...

在anglestyle这块，FSI是harmonic,MOF是hybrid fourier cosine/periodic
同一体系的话，anglestyle该怎么设置呢，lammps手册没找到相关说明例子

作者
Author: qyw 时间: 2023-6-22 13:03

qyw 发表于 2023-6-21 20:01
在anglestyle这块，FSI是harmonic,MOF是hybrid fourier cosine/periodic
同一体系的话，anglestyle该怎 ...

解决了

作者
Author: davi 时间: 2024-10-26 17:45
本帖最后由 davi 于 2024-10-26 12:47 编辑

slxc920113 发表于 2023-6-19 06:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

老师，您好，用了OPLS-2009IL建模FSI-阴离子，发现个问题，我看文献扭转项用的类型是OPLS(文献只给出了V1,V2,V3的值)，Autoff给出了四个(V1,V2,V3,V4),是不是文献默认V4为0哦。第二个点是，我建模好之后导出Moltemplate格式，发现Autoff给出来的值与文献不太对的上(给出的结果貌似少乘了个2？)，我是用采用lammps进行计算。最后一点是有些数据和文献完全对不上。给出Autoff和我看文献列出来的值

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-10-31 14:46

davi 发表于 2024-10-26 17:45
老师，您好，用了OPLS-2009IL建模FSI-阴离子，发现个问题，我看文献扭转项用的类型是OPLS(文献只给出了V1 ...

OPLS-2009IL力场并没有FSI的参数，显然遇到缺失的参数自动从备选的OPLS-AA中查找了，你可以选择CL&P，你截图的文献的力场参数也是来在CL&P，我稍后可以把CL&P的这个二面角补充到OPLS-2009IL中。
乘以2是因为Lammps程序内部计算的时候对应的OPLS形式的势函数每个系数前面还有个1/2（可以去查Lammps的手册）。

作者
Author: davi 时间: 2024-10-31 14:48

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:46
OPLS-2009IL力场并没有FSI的参数，显然遇到缺失的参数自动从备选的OPLS-AA中查找了，你可以选择CL&P，你 ...

老师，这个问题我已经解决了，谢谢哈

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