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标题: Amber固定原子间距离，理想距离为0.1埃但结果为1.8埃。 [打印本页]

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-6-19 16:11
标题: Amber固定原子间距离，理想距离为0.1埃但结果为1.8埃。
本帖最后由 Ashoreeeeee 于 2023-6-19 16:11 编辑

使用complex.pv.pdb（内含一个配体和二聚体蛋白质），进行tleap（没有加水，内容参见complex.src）。
生成了complex.prmtop，complex.tleap.pdb，complex.inprcd。

想固定complex.tleap.pdb中
二聚体蛋白质的127ALA的N原子（原子编号1911）和配体（M01）的atom type：O1（原子编号5313）之间的距离为0.1埃
二聚体蛋白质的300ALA的N原子（原子编号4556）和配体（M01）的atom type：O4（原子编号5373）之间的距离为0.1埃

这个二聚体蛋白质是对称结构，配体也是对称结构，所以相互作用的原子之间的距离也应维持对称。设置为0.1埃是为了确定是否能固定上。

以上编写的min.in和RST文件已添加为附件。
最后sander的结果在mdout文件中，转成pdb格式是min.pdb（已添加为附件）

疑问点：最后固定的结果为1.8埃，并不是0.1埃，为什么没有达到理想的效果？
         并且看mdout文件中，energy也并不为负值，restraint的值一直在5千多。
         按经验来讲，restraint的值不应该一开始很大随后降下来来表示固定住了吗？
         min.pdb文件相比complex.pv.pdb文件中原子距离确实更近了，但没有达到min.in和RST中设置的0.1埃。

过程文件已全部添加为附件，感谢各位老师答疑解惑。

作者
Author: Serious 时间: 2023-6-20 11:26
1）颇为奇怪。碳碳单键键长约1.5 Å，在分子动力学模拟，你限制在0.1 Å意义何在？
一些问题：
1）对于起始结构，蛋白和配体都叠在一起了，准备起始结构的方式不妥；能量最小化能顺利运行已是万幸。
2）限制力常数 999 kcal/mol/Å^2，匪夷所思，QM都用不着这么大。MD通常 5 kcal/mol/Å^2 已足够。

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-6-20 16:10

Serious 发表于 2023-6-20 11:26
1）颇为奇怪。碳碳单键键长约1.5 Å，在分子动力学模拟，你限制在0.1 Å意义何在？
一些问题：
1 ...

谢谢老师提的建议，按照如下情况修改了，请您看。

1）更换了起始结构（附件中的min.pdb），RST里面的0.1埃修正成1.5埃（意义是在于第一次用Amber限制原子间距离，0.1是能很直观的看到到底有没有限制成功的）。
2）限制力常数修改成5，计算的结果在附件的mdout文件中。

现在在想是不是从一开始这样的限制形式就不适用。

作者
Author: Serious 时间: 2023-6-21 10:13

Ashoreeeeee 发表于 2023-6-20 16:10
谢谢老师提的建议，按照如下情况修改了，请您看。

1）更换了起始结构（附件中的min.pdb），RST里面的0 ...

1）对于MD，如果你只是想尝试限制，还是得跑动力学，单独能量最小化没有意义；在我看来，能量最小化是为了尽可能消除初始结构的不利影响，若无特别需求，不必加NMR限制；

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-6-21 12:05

Serious 发表于 2023-6-21 10:13
1）对于MD，如果你只是想尝试限制，还是得跑动力学，单独能量最小化没有意义；在我看来，能量最小化是为 ...

嗯嗯。刚刚老师也提到这个了，他也说本来是想用MD限制一下，能限制住就不用跑动力学了。现在确实只是尝试这样可不可行的阶段。今天上午和老师说了一下，意思大概就是这个限制的方法是对的（就是RST的写法），但没办法再靠近了。等之后跑动力学吧。

谢谢老师，后续amber限制这块再有什么问题我继续放在这个帖子下，感谢您！

作者
Author: MrMr浩 时间: 2023-10-25 17:10
老哥，请问一下你的RST文件实是用AMBER里的makeDIST_RST生成的吗，为啥我的提示ERROR no map function for C9 Q73（Q73是我的配体名字），这怎么解决呢

作者
Author: Serious 时间: 2023-10-26 10:03
本帖最后由 Serious 于 2023-10-26 10:04 编辑

MrMr浩发表于 2023-10-25 17:10
老哥，请问一下你的RST文件实是用AMBER里的makeDIST_RST生成的吗，为啥我的提示ERROR no map function for ...

1）不支持非标准氨基酸；
2）手敲RST文件或写相同功能脚本解决；

作者
Author: MrMr浩 时间: 2023-10-26 13:47

Serious 发表于 2023-10-26 10:03
1）不支持非标准氨基酸；
2）手敲RST文件或写相同功能脚本解决；

收到，谢谢~

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