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标题: 请问用MS的Forcite模块模拟蜡油结蜡，计算时间过长怎么解决 [打印本页]

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-20 00:57
标题: 请问用MS的Forcite模块模拟蜡油结蜡，计算时间过长怎么解决
以下是模拟过程：
1、用AC模块的COMPASSII力场，在363K下建立含有300个正癸烷和15个正二十八烷的盒子；
2、对盒子进行几何优化，选取帧数最小帧进行退火；
3、进行NVT退火，并在每轮进行几何优化；
4、选取3中几何优化能量最小的一帧进行NPT退火，并在每轮进行几何优化；
5、选取4中能量最小的一帧进行NPT分子动力学模拟。
以下是模拟参数：
(, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 7)
以下是存在问题：
1、结蜡模型的建立，设置多大的体系合适，初始盒子为100埃时计算量太大，初始盒子为30埃（为模拟真实情况石蜡含量不变）石蜡分子个数较少；
2、建立ac盒子时，温度是否有影响，是否需要把温度设置在结晶温度之上；
3、退火时初始温度的选取是否应该在结晶温度之上；
4、md计算时间过长。结晶现象至少要在15ns以上，计算时间甚至需要一周以上。
以下是计算机配置：
双路AMD EPYC 7542 2.9GHz 32核双线程。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-20 01:00
补充：用的是win10下的ms2020版本

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-20 01:43
你用GROMACS就完全用不着纠结这些了，像样的nvidia游戏卡GPU加速GROMACS跑这种体系一天大几百ns... 而且这种体系又是GROMACS极其适合的（支持的GAFF、GROMOS、OPLS-AA等力场模拟烷烃都相当成熟和普遍），更是没丝毫用M$的理由
早弃M$早点步入正途。尤其是模拟那种本来时间尺度就比较长的问题，用forcite真是活受罪。

将就着用M$靠很小的模型跑很短的时间勉强研究问题，不仅严重浪费自己时间（GROMACS一个礼拜就能做完的研究用M$磨磨蹭蹭跑几个月），到时候投稿后还很有可能被审稿人嫌弃体系太小模拟时间太短。

PS：完全不需要担心学GROMACS的时间成本，跟强行用forcite浪费的时间相比根本不值得一提。若是参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班以不绕任何弯路的方式系统式学习，两天左右就能游刃有余地顺利研究起来这种问题了。

作者
Author: 钠离子电池 时间: 2023-6-20 09:09
我记得是M$2021给Forcite上了GPU加速功能，2020如果没有的话就是会算的比较慢。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-20 09:24

sobereva 发表于 2023-6-20 01:43
你用GROMACS就完全用不着纠结这些了，像样的nvidia游戏卡GPU加速GROMACS跑这种体系一天大几百ns... 而且这 ...

谢谢老师深夜回复，错过了四月份的培训班只能参加11月份的了。现在只能自己摸索摸索gmx了。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-20 09:24

钠离子电池发表于 2023-6-20 09:09
我记得是M$2021给Forcite上了GPU加速功能，2020如果没有的话就是会算的比较慢。

是呀，但是21版不是比较难搞嘛

作者
Author: 钠离子电池 时间: 2023-6-20 09:29

关于时间DE 发表于 2023-6-20 09:24
是呀，但是21版不是比较难搞嘛

那你就用gromacs或者lammps吧，软件本身免费，前后处理软件也都有免费的。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-20 15:02

关于时间DE 发表于 2023-6-20 09:24
谢谢老师深夜回复，错过了四月份的培训班只能参加11月份的了。现在只能自己摸索摸索gmx了。

着急用就买往届培训资料自学，链接里写明了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-20 15:03
Forcite上了GPU加速，速度仍然跟GROMACS不是一个数量级的，至多也就是能勉强用而已

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