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标题: 求助模拟蛋白质的表面的结合水分子与这个蛋白质的相互作用，关于消除平动转动的问题 [打印本页]

作者
Author: 金丹老祖 时间: 2023-6-20 14:44
标题: 求助模拟蛋白质的表面的结合水分子与这个蛋白质的相互作用，关于消除平动转动的问题
我是一个分子动力学方面的新手，我目前想要模拟一个蛋白质的表面的结合水分子与这个蛋白质的相互作用（在有机溶剂中），使用方法如下
1.把蛋白质和它表面的水设为一个组，并且消除他们两个的平动转动

2.把水与有机溶剂设为一个组，并且都不消除平动转动
这两种方法哪种会比较贴近真实的情况？或者说，这两种方法的水在模拟过程中是完全相同的，不会有明显差异？
求各位大佬赐教！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-20 20:26
先说明你具体想怎么分析相互作用。很可能根本就不需要你对轨迹做任何处理

作者
Author: 金丹老祖 时间: 2023-6-20 21:54
老师好，我想要分析蛋白质表面的水和蛋白质表面几个特定氨基酸的相互作用。观察特定位点的氨基酸变化之后，蛋白质表面的水会不会更倾向于靠近它或者更不靠近它。

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-6-21 10:37

金丹老祖发表于 2023-6-20 21:54
老师好，我想要分析蛋白质表面的水和蛋白质表面几个特定氨基酸的相互作用。观察特定位点的氨基酸变化之后， ...

把水和蛋白质设置为一个组，既然是表面的结合水，你就直接将水当做配体，通常蛋白和配体同组控温控压。消除平动转动是为了避免分子跑到盒子外卖，并方便看轨迹，并不会影响二者间的受力，一般跑蛋白还是建议设置上。

作者
Author: 金丹老祖 时间: 2023-6-21 11:04

dzdhp 发表于 2023-6-21 10:37
把水和蛋白质设置为一个组，既然是表面的结合水，你就直接将水当做配体，通常蛋白和配体同组控温控压。消 ...

好的，明白了，谢谢

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