计算化学公社

标题: 我的top里面有限制文件,NVT平衡时还提示错误怎么办 [打印本页]

作者
Author:
zwy123    时间: 2023-6-20 21:45
标题: 我的top里面有限制文件,NVT平衡时还提示错误怎么办
本帖最后由 zwy123 于 2023-6-20 21:51 编辑

Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.






; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
LYSOZYME in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
SOL         10636
CL               8


作者
Author:
sobereva    时间: 2023-6-20 23:42
提示里写明了,mdrun加上-r,后面跟上作为位置限制的参考位置的gro文件。不知道用什么就用和-c一样的gro文件




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3